1.Linux下运行structure
1.1软件下载与安装
tar -zxvf structure_kernel_source.tar.gz
cd structure_kernel_src/
make
./structure
运行成功会显示如下图:
若服务器无法联网,可下载安装包后上传解压
1.2运行
1.2.1plink得到structure格式文件
plink --bfile file --recode structure --out test-structure
1.2.2运行structure
根据自己的样本、位点信息及文件内容设置两个参数文件:extraparams,mainparams,以下为几个较为重要的参数,具体可上官网查看
MAXPOPS :Number of populations assumed for a particular run of the program.
BURNIN :Length of burnin period before the start of data collection.
NUMREPS : Number of MCMC reps after burnin.
Input/Output files.
NUMINDS :Number of individuals in data file.
NUMLOCI :Number of loci in data file.
PLOIDY :Ploidy of the organism. Default is 2 (diploid).
MISSING : Value given to missing genotype data. Must be an integer, and must not appear elsewhere in the data set. Default is -9
运行(命令行根据群体数及重复数自行设置):
structure -k 1 -o k1run.txt; structure -k 1 -o k1run2.txt; ……
2.隐藏任务
structure有时运行时间过长,可先隐藏任务,退出终端后保持进程后台运行
新建任务
tmux new -s structure
运行命令
structure -k 1 -o k1run.txt; structure -k 1 -o k1run2.txt; ……
退出:ctrl+b,d
重新进入任务
tmux a -t structure
查看时会显示任务(tmux ls命令)
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