conda像是手机上的应用商店,可以下载安装Linux系统上的各种软件。
Bioconda是conda软件包管理器的一个镜像,专门从事生物信息学软件。
Miniconda是最小的conda安装环境。
miniconda的下载安装
进入miniconda的官网Miniconda — Conda documentation,找到Miniconda3 Linuxl 64-bit,右键复制链接,在Linux命令行中用wegt命令下载。
miniconda的下载:
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
miniconda的安装:
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
激活配置:【source ~/.bashrc】
清华镜像(可以使下载速度大大加快):
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda的使用方法:
查找软件【conda search ABC】
安装软件【conda install ABC】默认为最新版本
conda的升级方法【conda upgrade -all】
推荐:软件tree(可以使文件以树状结构呈现~)
下载:装好了miniconda之后,可以直接使用conda来下载【conda install tree】
使用:到目标目录的上一级目录下【tree EF】