在运行infercnv::run完成后，发现输出文件夹下面只有infercnv.observations_dendrogram，而没有infercnv.observations.txt
代码如下：
infercnv_obj <- infercnv::run(inferobj,
cutoff=0.1,# use 1 for smart-seq, 0.1 for 10x-genomics
out_dir=outdir_1,
window_length = 101,
max_centered_threshold = 3,
plot_steps = T,denoise = TRUE,
cluster_by_groups=T, ## 选择TRUE是按样本分组 改为FALSE会进行按另一个参数k_obs_groups给出的分组数（默认为1）进行分组
no_prelim_plot = T,
HMM=FALSE,
sd_amplifier = 1.3,
analysis_mode = "samples", # analysis_mode ='subclusters' # 区分肿瘤亚型，慢
num_threads=3,
png_res = 200)
解决办法：加上参数 write_expr_matrix = T
