《自私的基因》这本书的读书笔记有点长，摘抄和想法加起来有 3 万字。为了方便阅读，把笔记按章节顺序分了五个部分：1~4 章为第一部分，主要讲从复制子到生存机器的进化。5~10 章为第二部分，主要讲生存机器的不同生存策略。
11~15 章每章都是独立的章节，论述了 5 个不同的问题。按笔记长度，把 11~12 章为第三部分，13、14 章为第四部分，15 章是第五部分。
本文是第一部分，《自私的基因》1~4 章的读书笔记。
第 1 章—为什么会有人呢
【小曹同学：开篇第一章，提出了本书的主要论点，即生物都是基因创造的生存机器，以及，成功的基因都具有自私性。
另外也对主要名词进行了定义：
利益：生存的机会；
利他和自私：指行为，而非主观意识和动机。
不过作者并没有明确回答「为什么会有人」。】
行星上的智慧生物开始思索自身存在的道理时，才算真正成熟。
【小曹同学：明白为什么要活着，活着才有意义。相应的，也会害怕死亡。因为死亡或许让活着没有意义。
害怕死亡，才会有希冀有鬼魂、天堂。
自己死了，魂魄还在，还能看看这个美丽的世界。
爱的人死了，去往天堂，我们还能相互祝福。】
作者在本书中的三个不论证：
不提倡以进化论为基础的道德观，本书只是讲事物是如何进化的，而不是讲人类应该怎样行动才符合道德准则。
在「本性和教养」的争论中，本书不支持这一或那一立场。
不对人类或其他某一种动物的行为细节进行描述。
只有在举例说明时，我才使用有事实根据的细节。
有些人不能把阐述对事物的认识同提倡事物这两件事区别开来，此类人实在为数太多。
【小曹同学：作者只是阐述（他认为的）事实，并不代表其观点。
以序言和注释的内容来说，作者受到的许多困扰，都是读者想法属于三个不论证的范围。】
如果一个实体，例如狒狒，其行为的结果是牺牲自己的利益，从而增进了另一同类实体的利益，该实体就被认为是具有利他性的。而自私行为的效果恰好相反。
上述有关利他和自私的定义是指行为上的，而不是指主观意识上的，弄清这一点至关重要。
【小曹同学：本书关于利他和自私行为的定义。不从目的出发，只看行为结果。
很多错误的批评本书的评论，都是把拟人等修辞方法错认为是作者的真实观点，或者混淆了主观想法和客观行为。】
我不准备以讲故事的方式来阐明一个论点。经过选择的例子对任何有价值的概括来说从来就不是重要的证据。
【小曹同学：作者书中举了很多动物的例子进行说明（应该有意避开了以人举例），但例子都是主观选择的，所以无论有意无意，都会有成为自己想要的结果的证据倾向。
就好像做实验一样，结果为真，也许真的是真的，也许是我们主观选择了一些结果为真的样本来做实验。
或者，刚好选择的样本就是结果为真的。】
值得一问的是，类群选择论者如何决定哪一级的水平才是重要的呢？如果说可以选择在同一物种的群体之间以及在不同物种之间进行，那么选择为什么就不能在更高一级的群体之间进行呢？物种组成属，属组成科，科组成目，目组成纲。狮子和羚羊与我们一样，同属哺乳纲。难道我们不应该要求狮子「为了哺乳纲的利益」，不要再去杀害羚羊吗？为了不致使这一纲灭绝，毫无疑问，它们应该去捕食鸟类或爬行动物。可是，照此类推下去，为了使脊椎动物这一门全部永恒地存在下去又该怎样呢？
【小曹同学：作者对类群选择理论的反驳。类群选择论的问题在于，类群的范围如何界定？
当把种群的外延扩大，就会发现矛盾。而外延不断缩小，似乎就成为个体选择。】
我认为，从发生在最最低级的水平上的选择出发是解释进化论的最好方法。
我将论证的选择的基本单位，也就是自我利益的基本单位，既不是物种，也不是群体，严格说来，甚至也不是个体，而是遗传单位基因。
【小曹同学：最最低级的水平也是进化的起点。】
第 2 章—复制因子
【小曹同学：本章主要讨论了复制因子的起源，与发展所需要具备的特性，即进化与竞争。
本章内容逻辑：
原始汤中，偶然产生的复制因子。
通过复制，复制因子的数量以指数级增长。
资源有限导致复制因子之间产生竞争。
复制因子的复制是不完美的，会有小几率的复制差错。
复制产生的差错中，有一些使得复制因子具有更强的竞争优势。
微小的优势不断累积，形成进化。】
我们人类在估计什么可能或什么不可能发生的时候，不习惯于将其放在几亿年这样长久的时间内去考虑。
一个能复制自己的分子并不像我们原来想象的那样难得，这种情况只要发生一次就够了。
【小曹同学：直接产生一个人很难，但产生一个复制因子就容易得多了。
星星之火可以燎原，通过复制增长是指数级的增长，只要时间够多够长。
大自然有十亿年的时间去等待第一个复制因子的诞生，也有十亿年的时间等待这个复制因子繁衍、进化。
在一个足够长的时间里，什么都是有可能发生的。】
【小曹同学：自然倾向于选择寿命长、复制快、复制准的复制因子，这也是「正确」的进化方向。】
必须指出，任何复制过程都具有一个重要的特性：它不可能是完美无缺的。它准会发生差错。
【小曹同学：变异来自于复制差错，而正是这些差错让生物具有多样性，而且不停地进化发展。走一条没走过的路，才能看到不同的风景。
或者说，新物种的产生、物种的进化是不断试错的结果。不试错，1 永远是 1；试错，才产生了 l、J、L…
不过，大自然有无数的生物、无限的时间去试错。但是作为个体，时间和机会是有限的，错 1 次可能就万劫不复。所以资源越多、试错成功的机会越多。
试错趁年轻。】
在印刷术尚未问世之前，如福音之类的各种书籍都是手抄的。以抄写书籍为业的人无论怎样小心谨慎，都不可避免地要发生一些差错……如果所有的抄写员都以同一本原著为蓝本，那么原意还不至于受到太大的歪曲。可是，如果手抄本依据的也是手抄本，而后者也是抄自其他手抄本的话，那么谬误就开始流传、积累。
【小曹同学：就跟抄作业一样。一个人抄错了、看错了，后面的人都会跟着错。
这个比喻对于理解复制因子的复制差错很有帮助。】
对生命进化的进程来说，产生一些差错是必不可少的。
差错最终使进化成为可能……而且这些差错是积累性的。
【小曹同学：这里的差错其实是相对来说的，相对于百分百的确定完美复制，不确定的差异被称为了差错。但是从现在的眼光看过去的「差错」，那么有的差错就是正确的进化方向。】
事实上没有什么东西「想要」进化。进化是偶然发生的，不管你愿意不愿意，尽管复制因子（以及当今的基因）不遗余力地防止这种情况的发生。
所谓稳定的意思是，那些因子要么本身存在的时间较长，要么能迅速地复制，要么能精确无误地复制。
【小曹同学：基因的精确复制与变异，可以看做是比例问题。
基因复制的高精度，能够保证大部分基因在正确的轨道上。所谓「正确」，是这个基因已经能够获得繁衍的机会，被证明是适合生存的。
而低概率的复制差错，也就是变异，保留了进化的可能。一旦变异符合自然选择的方向，能够获得繁衍的机会，那么这些变异的基因在高精度的复制下就能日益壮大。】
它们不知道自己在进行生存斗争，也不会因之而感到烦恼。
论点的第二个重要环节是竞争。达尔文本人也强调过它的重要性，尽管他那时讲的是动物和植物，不是分子。原始汤是不足以维持无限量的复制因子分子的。其中一个原因是地球的面积有限，但其他一些限制性因素也是非常重要的。
任何导致产生更高一级稳定性的复制错误，或以新方法削弱对手的稳定性的复制错误，都会自动地延续下来并成倍地增长。
【小曹同学：竞争是必然结果。除了资源，还在于复制因子的不同生存策略。
记得以前看过一个弹珠「比赛」的视频。一堆弹珠从弯曲的赛道上赛跑，在人的视角看来，整个过程惊心动魄，弹珠们在进行激烈的「竞争」。可对于弹珠来说，他们只是在重力与摩擦力的作用下无意识的滚动。
弹珠不知道自己在滚动，复制子也不知道自己在竞争。
就像下一章中的一句话：复制因子没有自觉性和目的性。】
第 3 章—不朽的双螺旋
【小曹同学：本章的中心要义：最好把基因作为自然选择的基本单位，而不是个体、种群、物种。
这个论点基于这样一种假设：基因能够永存不朽，而个体以及其他更高级的单位的寿命都是短暂的。这一假设以下面两个事实为依据：有性生殖和染色体交换，个体的消亡。】
我们都是同一种复制因子——人们称之为DNA的分子——的生存机器，但生存在世上的方式却大不相同，因而复制因子制造了大量各种各样的生存机器供其利用。
【小曹同学：几乎所有的生命都是 DNA 这种复制因子的保存机器，换个角度，说不定所有以 DNA、RNA 作为遗传物质的生物，都有一个共同的祖先。
如果是这样的话，人和其他生物的 DNA 相似度高，就很好解释了。】
复制因子和过去一样是没有自觉性和目的性的。
基因没有先见之明，它们事先并不进行筹划。某些基因只是比其他一些基因能力更强。
生存机器是一种运载工具，它包含的不只是一个基因，而是成千上万个基因。
人体的某一部分会受到许多基因的影响，而任何一个基因所起的作用都依赖于同许多其他基因的相互作用。
如果你用显微镜观察一下你自己的一个精子（如果是女性，即为卵子）的染色体，并试图去辨认哪些染色体本来是父亲的，哪些本来是母亲的，这样做将会是徒劳的（这同一般的体细胞形成鲜明对照）。精子中的任何一条染色体都是一种混杂物，即母亲基因同父亲基因的嵌合体。
【小曹同学：中学生物只知道，一半的基因来自父亲，一半的基因来自母亲，看到这里才明白，我们并不知道是哪一半来自父亲，哪一半来自母亲，也不知道父亲的哪一半给了我们，母亲的哪一半没有给我们。
也就是说，谁对孩子智商影响更大之类的问题，是没有意义、没有答案的。】
如果我们追根寻迹地查考一个遗传小单位的祖先，我们最终会找到它的最初创造者。在某一个阶段，这一遗传单位肯定是在你的一个祖先的睾丸或卵巢内首次创造出来的。
如果我们设想的是一个非常小的遗传单位，它就可能是由一个非常遥远的祖先第一次装配的，它也许是人类之前的一个类人猿。而且在你体内的遗传小单位今后同样也可以延续很久，完整无缺地一代接一代地传递下去。
【小曹同学：我们的某个基因可能在几万年前就已经产生，经过无数次复制，可能十万次、百万次，或者更多，终于遗传到我们身上。
这个过程需要和无数的其他基因相互配合、适应环境。经历万年并成功遗传给我们，那么这个基因真是很强大了。】
就一个基因而言，它的许多等位基因是它不共戴天的竞争者，但其余的基因只是它的环境的一个组成部分，就如温度、食物、捕食者或伙伴是它的环境一样。
基因发挥的作用取决于它的环境，而所谓的环境也包括其余基因。
一个一贯败阵的基因不能怪自己运气不好，因为它本来就是个「坏的」基因。
【小曹同学：人际关系总是不好，可能是这个人自己不会处理关系】
一个基因在以后历代的个体中将会与其他基因，即基因库里的其他基因相遇，如果它能和这些基因中的大多数配合得很好，它往往会从中得到好处。
影响锋利的食肉牙齿形成的基因并非本来就是「坏」基因，只有在食草动物种种特征形成的基因所主宰的基因库中，它们才算是「坏」基因。
【小曹同学：基因的好与坏是相对的，是人类针对其对某个个体的影响的主观判断。因为基因是无意识、无目的的。】
任何基因都在生命的某一特定阶段对个体施加其最大的影响，致死和半致死基因也不例外。大部分基因是在生命的胚胎阶段产生作用的，另有一些是在童年、青年、中年，还有一些则是在老年。请思考一下这样一个事实：一条毛虫和由它变成的蝴蝶具有完全相同的一组基因。
【小曹同学：基因的表达需要特定的条件。这个条件可能是普遍的，也可能是少见的。条件或许缺一不可，也许具备某几个就能使基因表达。
某些基因能否表达，可能对载体有天差地别的影响，比如毛虫和蝴蝶的基因是完全相同的，只是表达的结果不同。
一些「冻龄人」，是不是生长皱纹、松弛皮肤的基因没有完整表达呢？】
所谓进化就是指基因库中的某些基因变得多了，而另一些变得少了的过程。
【小曹同学：这个进化也是从基因的视角下的定义。
适应竞争的基因被留存，反之被淘汰，基因的更迭就是进化。】
第 4 章—基因机器
【小曹同学：本章的逻辑：
面对资源困境，复制因子产生两个分支：自养的植物，异养的动物。
为了更好的竞争，生存机器内的众多基因需要协调，因而产生大脑。
由于对生存机器的控制存在时滞，所以基因对机器的编程，只能事先部署。
生存机器为了更好的预测未来，进行模拟，进而产生意识。】
一大分支，即现在人们所说的植物，开始利用阳光直接把简单分子组建成复杂分子，并以快得多的速度重新进行过去发生在原始汤里的合成过程。另外一个分支，即现在人们所说的动物，「发现了」如何利用植物通过化学作用取得的劳动果实：动物要么将植物吃掉，要么将其他的动物吃掉。
【小曹同学：所谓自养和异养。】
为争夺稀有资源，为吞食其他生存机器并避免被对方吃掉，生存机器投身于激烈无情的竞争和斗争。
为了应对这一切竞争和斗争，在共有的躯体内存在一个中央协调的系统必然比无政府状态有利得多。
（讨论下棋程序）计算机在走了第一步棋之后，就需要独立操作，不能指望它的主人再做任何指点。程序员所能做的一切只是事先竭尽所能把计算机部署好，并在具体知识的提供以及战略战术的提示两者之间取得适当的平衡。
基因所能做到的也只限于事先的部署，事后生存机器在独立操作时它们只能袖手旁观。
（讨论《仙女座的 A》）基因并没有这样快的反应时间。和仙女座人一样，基因只能竭尽所能事先部署一切，为它们自己建造一台快速执行的计算机，使之掌握基因能够「预料」到的尽可能多的各种情况的规律，并为此提出「忠告」。
【小曹同学：面对不断变化的外部环境以及各种突发事件时，基因无法实时控制载体，也就是对载体的控制具有时滞性。
因此基因给载体预先编程，让载体按照某些定好的基本原则行动。至于复杂的情况，就需要载体后天的学习，就像 AlphaGo 学习下棋一样。
所以我们某些无意识的反应、快系统，都是内置于基因里的。
在这里用「预先编程」的说法，似乎基因是「主动」这么做的。其实是众多基因在不同条件下的表达结果。不同的表达结果参与竞争，最终留下的是适应各种规律的生存机器。】
北极熊基因可以有把握地预先知道，它们尚未出生的生存机器将会面对一个寒冷的环境。这种预测并不是基因进行思考的结果。它们从不思考：它们只不过是预先准备好一身厚厚的皮毛，因为在以前的一些躯体内，它们一直是这样做的。
【小曹同学：所有当下的生物，都是过时的产物。
因为寒冷而发展出来的北极熊，也会因为气候变暖而灭绝。而北极熊灭绝后，会有适应新的温暖环境的生物生活在北极——它们的脚下是因为过时而被淘汰的北极熊的尸体。】
我们可以把意识视为一个进化趋向的终点，也就是说，生存机器最终从主宰它们的主人即基因那里解放出来，变成有执行能力的决策者。
这个趋势在逻辑上的必然结果将会是，基因给予生存机器一个全面的策略性指示：请采取任何你认为是最适当的行动以保证我们的存在。
【小曹同学：从基因的角度看，制定的规则越简单，载体的自主性、适应性越强，可发挥的空间越大。罗马就在那，但走到罗马的人的经历，并非条条大路。或艰险，或崎岖，或中道崩殂。全凭造化或选择。
而从载体的角度看，在简单的求存规则下，加上自主意识，可能会导致载体为了追求自己的生存而「背叛」基因赋予的使命。比如人类有意识的避孕。】
事实上进化是一步一步通过基因库内基因的差别性生存来实现的。因此，为使某种行为模式——利他的或自私的——能够演化，基因库内「操纵」那种行为的基因必须比「操纵」另外某种行为的、与之匹敌的基因或等位基因有着更大的存活可能性。
不同蜜蜂应对腐臭病的例子：
揭盖和扔生病幼虫，是两种基因控制的。
只有揭盖基因，无法扔幼虫。
有扔幼虫基因，但是没有揭盖基因，扔幼虫基因也无法表达出来。
两种基因同时存在，蜜蜂才能把生病的幼虫找出并扔出。
基因在对它们共有的生存机器施加影响时是「合作的」。
在贯穿世代的旅程中，这两种基因基本上是相互独立的。就它们的有益工作而言，你尽可以把它们视为一个单一的合作单位，但作为复制因子，它们是两个自由的、独立的行为者。
【小曹同学：基因是相互合作的，有些基因想要获得表达，需要有前置基因的配合。
蜜蜂的实验也证明了基因是独立的遗传单位。】
