一、下载Miniconda到服务器上
下载方法：
1.百度搜索miniconda,点击进入
2.查看服务器是多少位的：输入命令
uname -a
3.点击下载最新版Linux版miniconda
4.建立biosoft文件目录，利用cd进入
cd ~/biosoft5.用wget下载
wget 加已查询到的下载链接：
wgett https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.shPS:sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。
二、如何安装miniconda
利用bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
PS:bash [-nvx] scripts.sh
选项与参数:
-n: 不要执行 script,仅查询语法的问题;
-v: 再执行 sccript 前,先将 scripts 的内容输出到屏幕上;
-x: 将使用到的 script 内容显示到屏幕上,这是很有用的参数!
例子：想要执行bash脚本，并查看bash的调用流程，可以通过以下命令：
bash -x test.sh
参考来源：bash命令和语法--带你升级打boss
当你看到一行“Do you accept the license terms? [yes|no]”说明安装要开始了【注意看下图的操作，程序让你enter就enter，让你yes就yes】
激活（一定要注意！！！！！）
source ~/.bashrc来激活conda
命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了
如果报错，说明你可能没有进行上一步的source ~/.bashrc命令。
PS:bashrc它就相当于shell的配置文件。一般会有多个.bashrc文件，使用find命令可以查看：
find / -name .bashrc每次修改.bashrc后，使用以下命令就可以立刻加载修改后的设置，使之生效
source ~/.bashrc
参考来源：Linux之.bashrc 文件
添加镜像
所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。
# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
附：conda config --set show_channel_urls yes的意思是从channel中安装包时显示channel的url，这样就可以知道包的安装来源了。
三、开始使用conda
- 查看当前服务器上安装的所有软件列表
conda list
image.png - 安装软件
conda install fastqc -y[-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes]
默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本
如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y
image.png
PS:上图为已安装过图示
image.png
此为过程参考来源Day3-Linux下安装软件-佛系study
3.确认fastqc软件是否安装成功
输入fastqc -help，如果出现一大片文字，这是软件的帮助文档
4.移除命令
conda remove fastqc -y
此为过程参考来源Day3-Linux下安装软件-佛系study
四、conda的环境设置
conda环境的意义
生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，按照项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”
如何配置？
1.查看当前conda环境
conda info --envs (前面带*的就是默认的)
2.建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的)
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
3.再次查看一下我们的conda环境
4.激活新的conda环境
conda activate rna-seq
在用户名root前面出现了
(rna-seq)输入
fastqc试试，如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了（了解一下：其实这些是帮助信息，你只输入了一个软件名称，没有给他跟上操作对象，所以他不会执行命令)
5.退出当前环境，运行
conda deactivate
