虽然几十个倭兵，杀死明军几千人，这听起来让人有点匪夷所思，但相关史书记载，确实是真有其事。所以，我们不得不要承认，在当时明朝军队的战斗力确实非常的弱。
当时的情况是，明朝也只剩下戍守长城一带的边防军还有较强的战斗力外，内陆的地方军大多数确实战力低下。这种情况一直在戚继光的戚家军出现后才得到改观。
可能有人会说，当时广西一带壮族、土家族的狼兵和土兵，战斗力还是非常强的。不过，到了明代的到明代后期，狼土兵的战斗力也明显下降。
《明史纪事本末》就曾这样记录，当时，广西的田州土官就曾带狼、土士兵到苏州去。听说狼兵到了，当地人稍微放了点心。可是，在一次遭遇战中，狼兵遇到几百个倭冠，经过激烈的交战，并未取胜，反而有钟富等十几个头目都战死了，死伤了很多士兵。这样一来，倭寇就更大胆了，因为发现狼兵也不过如此。
广西田州土官妇瓦氏引狼、土兵至苏州，闻狼兵至，人心稍安。赵文华至松江，因谓狼兵可用，厚犒之。使击贼至漕泾，遇倭数百人，战不胜，头目锺富、黄维等十四人俱死，失亡甚众。于是贼知狼兵不足畏，复纵掠如故。”《明史纪事本末》 卷五十五
本以为狼兵与土兵可以让倭寇嚣张的气焰给打压下去，谁知道，狼土兵也败了。倭寇于是更加肆无忌惮的在杭州一带烧杀抢掠，如入无人之境。
一次，倭寇只有六七十人人，就行进数千里，杀伤我方人员达四五千人，历经了八十多日才把这一帮人给剿灭。
“贼自绍兴高埠流劫杭、严、徽、宁、太平，犯南都，六七十人经行数千里，杀伤无虑四五千人，历八十余日始灭。”《明史纪事本末》 卷五十五
至于题主所说的倭寇五十余人杀明军千人的事件，应该是嘉靖三十四年四月发生的事，不过只是杀戮了一千余人，而不是五千人，应该是和上一段的事件混淆了。
事情是这样的，当时倭寇有50余人，从山东日照登上陆地，流窜数于两省之间，杀戮了千余人，后被徐邳官兵歼灭于马头镇民家，斩首敌人四十一人。此事记录于《嘉靖东南平倭通录》当中。
倭寇几十人人就敢登陆杀戮，终其原因，还是当时明朝的军队战斗力实在太差劲了。当时，沿海各省以及从内地调去的军队，包括狼兵、土兵，实力都是如此。
后来，还是戚继光建立的戚家军，才靠着强大战斗力，彻底打败了倭寇，换来了沿海的和平。
但这并没有根本改变明军羸弱的现象，到后来清军入关以后，明军更是不堪一击，20万以上大军一触即溃，不战而降的事件时有发生。
