当初，毛璩听说桓振攻陷了江陵，便率领三万人的部队顺长江向东进发，准备讨伐他，派弟弟毛瑷从外水出发，谯纵、侯晖从涪水出发。但是蜀地的人不喜欢到远方征战，侯晖到了五城水口后，便与阳昧谋划发动叛乱。
谯纵为人很是和蔼谨慎，蜀地的人都很拥戴他，侯晖、阳昧一起逼迫谯纵为盟主，谯纵严词拒绝，纵身投江，被叛军救了上来。他们又用兵刃逼迫谯纵登上车轿，谯纵又扑倒在地，向大家磕头，坚决拒绝，侯晖把谯纵绑在车上回军，在涪城袭击毛瑾，并把他杀了，拥戴谯纵为凉、秦二州刺史，谯纵眼见事已至此，也只得依从了。
毛璩来到略城，听说军中发生叛乱，飞马奔回成都，派遣参军王琼带兵前去讨伐。王琼打败了侯晖等人，追击他们到了绵竹，谯纵的弟弟谯明子设了两路伏兵等待，大败王琼的军队，被杀死的士兵十有八九。
益州的营户李腾打开城门迎入谯纵的军队，杀了毛璩和他的弟弟毛瑷，屠灭了他们全家。随后，谯纵号称成都王，任命堂弟谯洪为益州刺史，谯明子为巴州刺史，从此，蜀地局势大乱，汉中的实力也十分空虚。
刘裕听说谯纵叛变，派毛璩的侄子，龙骧将军毛脩之与司马荣期等人一起带兵去讨伐他，抵达宕渠的时候，司马荣期被参军杨承祖杀害，毛脩之只好退回到白帝。
这边桓振聚集了溃军，从郧城发兵再次袭击江陵，荆州刺史司马休之迎战，大败，逃奔襄阳，桓振于是自称为荆州刺史。刘怀素从云杜带兵迅速赶到，在沙桥与桓振展开决战，刘毅也派唐兴前来助战。
桓振内心深知已是穷途暮日，以酒当水，痛饮完毕，又乘醉突击，晋军众箭齐发，桓振身中数箭，仍然前冲不止，最后，这位桓氏家族的勇将也战死于沙场，晋军重新夺回了江陵。
晋安帝抵达建康后，文武百官在宫门前拜见请罪，晋安帝下诏命令他们恢复职务。殷仲文因为朝廷的音乐设施不完备，报告给刘裕，请求重建。刘裕说：“现在没有时间做这件事，而且我也不懂它的原理。”
殷仲文说：“如果你喜欢它，自然就懂了。”刘裕回答他：“正是因为懂了就会喜爱，所以我才不去学习它。”
晋安帝复位后，对司马德文、刘裕等人都大加封赏，刘裕坚决辞让，不接受这些官职，安帝加封他录尚书事，他还是不接受，几次请求回到他的属地去。安帝命令文武百官一起敦促、规劝，安帝还亲自驾临到他的府邸，刘裕非常惶恐，再次前往宫门拜见，陈述理由，安帝终于准许他回到属地去了。
刘毅没发迹前曾经做过刘敬宣的参军，当时有人认为他是一个英雄豪杰，刘敬宣却说：“非常之人自有胸怀和水平，何以见得他就是人中豪杰呢？此人的性格，外表看起来宽厚，但心胸狭窄，自视甚高，总想在别人之上，如果一旦掌握到大权，也一定会因为犯上而招到灾祸。”
刘毅听说之后，心中对刘敬宣十分怀恨。到了朝廷任命刘敬宣为江州刺史的时候，他认为自己并无功劳，诚恳辞让，不应该在刘毅等人之前接受任命，刘裕与刘敬宣在平定孙恩之乱的时候就结下了深厚的战斗情谊，所以没有答应他的请求。
刘毅这时派人去对刘裕说：“刘敬宣并没有参加勤王讨逆的义举，现在，平乱中的勇猛之将、有功之臣还没有论功行赏，像刘敬宣这样的官员，应该让他们靠后一些。如果你不想忘记你们过去的情谊，不妨给他一个员外常侍之类的的官做，就可以了。现在听说授予他郡守的官职，实在是太过于优厚了，以后还要把江州交给他管辖，这简直让人感到震惊了。”
刘敬宣知道后越发感到不安，自己上表请求辞去职务，于是朝廷把他召回来做宣城内史，刘裕仍然赐给他房屋和每月三十万的金钱资助，对他赏赐甚丰。
后来，桂阳太守章武王司马勋因为自己的妻子是桓振的妹妹，担心受到牵连，索性和益州刺史司马轨之阴谋反叛，结果被杀。桓玄的余党桓亮、苻宏等裹挟着百姓，几十次侵扰地方郡县，刘毅、刘道规等人分别带兵将他们剿灭，荆、湘、江、豫等几个地方的局势全部得到平安。朝廷下诏，任命刘毅为都督淮南五郡军事，何无忌都督江东五郡军事。
刘裕派遣使者向后秦求和，并请求归还南乡等几个郡，后秦王姚兴答应了他。姚兴的大臣们都觉得这样不行，姚兴说：“刘裕从社会底层最卑贱的位置上发展起来，能够诛杀桓玄，重新振兴晋室，对内整顿日常政务，对外核查勘定疆土，我怎么能为了珍惜几个郡，就不成全他的好事呢！”于是将南乡等十二个郡，归还给东晋。
尚书平定勤王举义的功劳，奏请封刘裕为豫章郡公，刘毅为南平郡公，何无忌为安成郡公，其余的人个个加封赏赐。
殷仲文一向很有才智声望，他认为自己应当管理朝政的，但是刘裕只安排他做了个闲散的官，所以一直觉得不得志闷闷不乐，觉得没有实现自己的志向。后来出京做了东阳太守，更加不高兴。
何无忌平时就很仰慕殷仲文的名气，东阳又在何无忌的管辖之内，于是殷仲文答应他会顺路去拜访，何无忌非常高兴，很恭敬地对待这件事情。
殷仲文因为官场失意，常常神情恍惚，所以没有过去相见，何无忌认为他这是瞧不起自己，大为恼怒，正好这时南燕进兵侵犯，何无忌便对刘裕说：“桓胤、殷仲文这二人始终是我们的心腹大患，而北方的强盗却不必担心。”
没多久，刘裕官府的将军骆冰阴谋制造叛乱，事情被发觉后，刘裕把他杀了。于是，他们声称骆冰和殷仲文、桓石松等人在暗中互相勾结，打算拥立桓胤为盟主，所以把这些人连同他们的家族，全部杀掉了。
