发酵与火一样是一个自然过程，它是有机物质分离能量循环的重要手段。从这个意义上来说，地球如果没有发酵就会成为巨型垃圾堆，死去的生物会堆积如山，而活着的生物饥肠辘辘。除了人类，动物也会利用发酵这一手段比如松鼠会埋藏橡树果，鸟类会利用嗉囊酸化种子，它们有些还会喜欢发酵的重要副产品酒精。据说在中国东部有一种猴子会储存鲜花和果实，耐心等待发酵，然后尽情享受。马来西亚的笔尾树鼩。每天会到伯特伦棕榈树旁守候专门为酵母菌提供栖息地的花蕾，因为那个上面会有酒。同时在它们穿梭于灌木丛中时，也帮棕榈树受了粉。因为发酵这种合作共赢的生态得以长久。
最初人们因为储存食物而掌握了发酵技术，后来又渐渐演变到其他方面。发酵可以分解植物中含有的有毒化合物。比如发酵的果汁可以杀灭其中的细菌，有些果汁还能变成强效麻醉剂。最常见的情况是发酵产生了全新的营养物质，比如啤酒，酱油中都含有发酵谷物的多种维生素b。另外纳豆这种深受日本人喜爱的食品源于发酵而成的纳豆激酶，这是一种有独特和治疗效果的化合物。一些谷物发酵后还产生了重要的氨基酸。有些可以将身体本来无法充分吸收的蛋白质，脂肪和碳水化合物转化成简单安全的化合物，更容易吸收。环保人士还在研究如何利用微生物来分解垃圾并且将它们转化成能量。
发酵过程中会形成气味分子。一部分是成熟果实希望通过浓郁的香气吸引动物作为传播途径。而另一些则是保护自己的安全驱除竞争对手或者有害物质。所以这些气味分子相当复杂，而且会千变万化。虽然人们喜欢鲜味和甜味的食物，而发酵食物并不是那种简单的味道，但是一旦后天养成嗜好，就很难改变。而且不同地区的人要接受异国风味是需要极大包容度的。这可能也解释了，一方水土养一方人，特定地区有不同的微生物，所以也会有适合这些微生物的生物群体。
不过在现代产业化食品保存方法下，具有生物活性的食物越来越少。超市里大部分真空包装的冷冻食品以及五颜六色的加工食品都加入了大量的都加入了大量的化学物品。无论在营养、口感、食物多样性和安全性方面都无法与微生物发酵的食物相提并论。而且工业化的食品生产对细菌的容忍程度极低，但饮食中细菌数量的减少对身体而言并非好事。有研究表明人体内的维生素对保持身心健康有重要的作用，如果将食物中的细菌灭绝带来的危害完全是不可逆的。然而这个健康理念和谈菌色变相比接受程度并不高。即便有一些有识之士在复兴饮食文化，希望通过慢食运动将传统的食物重新带回人们的餐桌，但是这个过程异常艰难。
