导读
上一篇：宏基因组分箱（一）Megahit组装和QUAST质量评价。分箱工具有很多，我为什么选择Metabat2呢？请见：宏基因组最佳分箱工具Metabat2。下面是Metabat2分箱的步骤：1. 建索引；2. 比对；3. sam2bam；4. bam2sorted.bam；5. 计算contig深度；6. 分箱；7. 结果。
一、建索引
使用bowtie2的bowte2-build功能给测序数据组装得到的contig建索引文件，用于比对。
time bowtie2-build -f final.contigs.fa final --threads 16
-f：输入文件
[final]：输出文件前缀
--threads：线程
time：计时
--large-index：force generated index to be 'large', even if ref has fewer than 4 billion nucleotides
二、比对
使用bowtie2比对测序数据和contig。
time bowtie2 -1 ALL_READS_1.fastq -2 ALL_READS_2.fastq -p 16 -x final -S final.sam
-1：上有序列
-2：下游序列
-p：处理器
-x：索引文件前缀
-S：比对结果sam文件
time：计时
三、格式转换：SAM > BAM
使用samtools将sam文件转换成bam文件。
time samtools view -@ 16 -b -S final.sam -o final.bam
-@：线程
-b：输出格式为BAM
-S：自动检测输入格式
-o：输出文件
time：计时
四、BAM排序
使用samtools排序bam文件获得sorted.bam文件。
time samtools sort -@ 16 -l 9 -O BAM final.bam -o final.sorted.bam
-@：线程
-l：压缩等级0-9，0是不压缩，9最高
-O：输出格式可选SAM, BAM, CRAM
-o：输出文件
time：计时
五、计算contig深度
以上一步得到的sorted.bam文件为输入，用Metabat2中自带的jgi_summarize_bam_contig_depths程序计算contig深度。
time jgi_summarize_bam_contig_depths --outputDepth final.depth.txt final.sorted.bam
--outputDepth：输出文件
[final.sorted.bam]：输入文件
六、分箱
time metabat2 -m 1500 -t 16 -i final.contigs.fa -a final.depth.txt -o all -v
-m：最小contig长度
-t：线程
-i：contig文件
-a：contig深度
-o：输出文件路径和前缀
-v：啰嗦模式
time：计时
七、分箱结果
分箱其实就是利用核苷酸频率和丰度模式将序列组装得到的contig打包分类的过程，所以分箱结果就是一堆contig的fasta文件如下：
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 3489348 9月 26 17:05 all.10.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 429510 9月 26 17:05 all.11.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 268311 9月 26 17:05 all.12.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 1588561 9月 26 17:05 all.13.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 388664 9月 26 17:05 all.14.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 1499768 9月 26 17:05 all.15.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 546539 9月 26 17:05 all.16.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 634631 9月 26 17:05 all.17.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 1051141 9月 26 17:05 all.18.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 2150085 9月 26 17:05 all.1.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 237183 9月 26 17:05 all.2.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 2181418 9月 26 17:05 all.3.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 982074 9月 26 17:05 all.4.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 1716234 9月 26 17:05 all.5.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 1649397 9月 26 17:05 all.6.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 1759432 9月 26 17:05 all.7.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 1386934 9月 26 17:05 all.8.fa
-rw-rw-r-- 1 cheng WST 487116 9月 26 17:05 all.9.fa
打开一个看看：
less -S all.1.fa
# 如下：
>k93_1756
AAATTCTCTCTTAAAGTTTAACTTTACATTAATTGTTTCTTTACTCTAACAAAGTGCAAA
TATATTAATAAAACTGAAACGAACAACTATTTTATTGAAAAAACCTTGTAAATCTATCAA
TTTGTTAATTAAACATGCCACTTTATGCTTAATAACAGATTTTTCACACTTAAAAAACCT
>k93_2772
GAGCGTGGTAACGAGATGAGCCAGGTTCTTGAGGAATTCTCAGAGCTTATTGACCCAAAG
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