GSE_统计位点测序深度

统计位点测序深度

  • 新建文件夹
mkdir depth
  • 新建脚本前文件
ls *.bam > flagstat_bam
find *.bam>bam_sample
sed -i "s/.bam/ /g" bam_sample
paste flagstat_bam bam_sample >flagstatbam_list
  • 新建脚本
vim depth.sh
cat flagstatbam_list |while read id
do
          arr=(${id})
         bam=${arr[0]}
         sample=${arr[1]}
         samtools depth $bam > depth/$sample.depth.txt &
         done
  • 激活并运行脚本
chmod a+x depth.sh
nohup ./depth.sh
  • 进入结果文件夹
cd depth
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