一个新的流感毒株侵入对此毒株无免疫力的种猪群，引发的呼吸道疾病非常严重:2-3天，多达40-50%的猪出现厌食和严重疾病，该病的快速传播和发展也是猪流感所独有的，对妊娠母猪的主要风险是高热，进而引起流产，胚胎或胎儿的损失或高死胎率，也可见到大面积的咳漱和肺炎。
SIV是导致种猪繁殖障碍的重要原因，潜伏期只能观察到2-3头猪发病，随后会出现40-50%的猪不吃料，咳漱，肺炎，发热和厌食等呼吸道疾病快速传播。母猪突然爆发急性疾病，咳漱和肺炎快速传播，7-10天恢复到正常临床状态，断奶后发情推迟，21天返情率升高，正常发情周期外返情升高，空胎母猪数增加，流产、尤其是妊娠后期流产情况增多，死胎率升高，产程变长，木乃伊数量上升。明显标志猪的饮水量减少10%。治疗药物:青链霉素，长效土霉素，阿莫西林，金霉素或土霉素每1000千克体重每天25克，连续饮水5天。阿司匹林饮水，在水中添加水溶性维生素7天，饲料加药2周。母猪舍温度20-23度，保持地面和垫料干燥。
