之前有分享过Windows系统Linux的安装，在这就不赘述了。直接开始介绍GWAS中Quality control, phaing, imputation所用到的常用软件安装方法（以Ubuntu为例）：
1. plink1.9 plink2.0 bcftools vcftools samtools minimac4
plink可以在Windows系统、macOS系统及Linux系统安装，1.9为稳定版最新版，2.0为开发版最新版（本文只介绍Linux下plink安装，Windows下直接把plink.exe文件放在C:\Users${用户名}目录下面，win+R，输入cmd，进入黑框后输入plink即可调用）
其余三个只能在Linux系统安装
- 安装前需要安装zlib1g、zlib1g.dev两个package，为之后的软件安装做准备
sudo apt-get install zlib1g zlib1g.dev
- 软件安装
sudo apt-get install plink1.9
sudo apt-get install plink2
sudo apt-get install bcftools
sudo apt-get install vcftools
sudo apt-get install samtools
sudo apt-get install minimac4
2. eagle 2.4.1安装
eagle官网已提供可以直接执行的二进制文件（下载链接：https://alkesgroup.broadinstitute.org/Eagle/index.html#x1-60002.3，下载后直接调用即可），但执行需要提前安装gcc package
sudo apt-get install gcc
3. gotcloud安装（包含Samtools及vcfCooker等工具）
安装包下载链接：https://github.com/statgen/gotcloud/releases
replacing the libStatGen in src/ with the latest version (https://github.com/statgen/libStatGen.git).（详细见提供GitHub网页的issues第一条）
提前安装所需package：第三条语句是为Samtools安装做准备，第四条语句是为premo安装做准备，第五条语句中libssl-dev原本为libssl0.9.8，但是libssl0.9.8是老版本无法直接安装
sudo apt-get install g++
sudo apt-get install zlib1g-dev
sudo apt-get install libncurses5 libncurses5-dev
sudo apt-get install cmake
sudo apt-get install java-common default-jre make libssl-dev
-安装gotcloud（进入Ubuntu对应的文件位置为root文件夹：C:\Users${用户名}\AppData\Local\Packages\CanonicalGroupLimited.UbuntuonWindows_79rhkp1fndgsc\LocalState\rootfs\root，可以把下载文件放在root下面，然后用cd命令进入下载文件）
cd gotcloud-master
cd src
make
4. 更新Ubuntu
sudo apt-get update
5. 一点碎碎念
看我现在整理出来的内容，可能觉得过程很简单。但我自己安装的时候，最开始不知道部分软件在Ubuntu上有对应的package，然后就直接去官网找对应安装包，按照安装教程一步步装，有时候一上午都装不好一个软件。
为了节省大家的时间，我没有把那部分安装过程放出来，一方面很繁琐，另一方面安装碰到的bug很多，我当时也找了很多教程
无数次的尝试才写成如今这简单的几条命令，没有设置阅读门槛，也没有保留啥，只是希望能做有温度的知识分享
最后，祝好~
6. 附赠软件官网链接
http://www.cog-genomics.org/plink/1.9/
https://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html
http://vcftools.sourceforge.net/
http://www.htslib.org/
https://genome.sph.umich.edu/wiki/Minimac4
https://alkesgroup.broadinstitute.org/Eagle/
https://genome.sph.umich.edu/wiki/GotCloud#Install_GotCloud_Software
https://genome.sph.umich.edu/wiki/VcfCooker
