RNA-seq-质控>生成bam文件

质控

安装fastqc

安装trim-galore

最后一遍输入的质控对

生成的SRR1039508_1_fastqc和SRR1039508_2_fastqc是？好像不太对

下载参考基因组

解压，最后一个tar -zxvf hg38.chromFa.tar.gz是正解
前面把文件名改了，出了错

先收集老大的一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定！

http://www.bio-info-trainee.com/2218.html

索引只链接到～/index/hisat/hg38/genome.。这里genome后面的“.”是去掉的。建一个文件夹，SRR1039510.hisat.sam

image.png

后台提交，确定后台提交没错

nohup command > myout.file 2>&1 &

生成sort.bam文件

合并后的sort.bam文件1.1G

排序后的sort.bam

尝试写循环，生成bam文件，没成功

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