Introduction
GFF全称为general feature format，这种格式主要是用来注释基因组。
GTF全称为gene transfer format，主要是用来对基因进行注释。
GTF stands for Gene transfer format. It borrows from GFF, but has additional structure that warrants a separate definition and format name.Structure is as GFF, so the fields are:
seqname source feature start end score strand frame [attributes] [comments]
Here is a simple example with 3 translated exons. Order of rows is not important：
解读：
1) seq_id：序列的编号，一般为chr或者scanfold编号；
2) source: 注释的来源，一般为数据库或者注释的机构，如果未知，则用点“.”代替；
3) type: 注释信息的类型，比如Gene、cDNA、mRNA、CDS等
4) start:该基因或转录本在参考序列上的起始位置；
5) end: 该基因或转录本在参考序列上的终止位置；
6) score: 得分，数字，是注释信息可能性的说明，可以是序列相似性比对时的E-values值或者基因预测是的P-values值，“.”表示为空；
7) strand: 该基因或转录本位于参考序列的正链(+)或负链(-)上;
8) phase: 仅对注释类型为“CDS”有效，表示起始编码的位置，有效值为0、1、2(对于编码蛋白质的CDS来说，本列指定下一个密码子开始的位置。每3个核苷酸翻译一个氨基酸，从0开始，CDS的起始位置，除以3，余数就是这个值，，表示到达下一个密码子需要跳过的碱基个数。该编码区第一个密码子的位置，取值0,1,2。0表示该编码框的第一个密码子第一个碱基位于其5'末端；1表示该编码框的第一个密码子的第一个碱基位于该编码区外；2表示该编码框的第一个密码子的第一、二个碱基位于该编码区外；如果Feature为CDS时，必须指明具体值。)；
9) attributes:一个包含众多属性的列表，格式为“标签＝值”（tag=value），标签与值之间以空格分开，且每个特征之后都要有分号；（包括最后一个特征），其内容必须包括gene_id和transcript_id。以多个键值对组成的注释信息描述，键与值之间用“=”，不同的键值用“；
两种文件格式之间的转换：
直接使用Cufflinks里面的工具gffread：
#gff2gtf
gffread xxx.gff3 -T -o xxx.gtf
#gtf2gff
gffread xxx.gtf -o xxx.gff3
