DecontX是一种通过去除RNA测序数据中非细胞信号的工具，它适用于单细胞RNA测序数据和高通量RNA测序数据。
https://github.com/campbio/celda
DecontX的工作原理是基于两个假设：（1）在RNA测序数据中，非细胞信号包含了许多外源性RNA（例如病毒、细菌、寄生虫等）和内源性RNA（例如rRNA、tRNA、miRNA等），这些RNA并不会贡献到真正的细胞类型鉴定和表达定量上；（2）非细胞RNA的比例在样本之间存在差异，因此可以利用这种差异来区分细胞RNA信号和非细胞RNA信号。
DecontX先将RNA测序数据按照基因进行分类，然后利用一系列策略去除外源性RNA和内源性RNA。最后，DecontX使用一个模型来估计每个细胞的非细胞RNA信号占比，并根据这个信号占比来对细胞进行过滤和去除。这样就可以降低样本中非目标细胞的影响，从而提高细胞类型鉴定和表达定量的精度。
DecontX分析做了什么？
- 去除了污染的细胞，细胞数会有减少。
- 矫正了基因表达量，基因表达量矩阵有变化，不再是整数。后续做monocle有一个bug，monocle的输入矩阵需要是整数，这里要做一下取整处理。
