1. R包的科普知识：

• 当我们下载好R软件后，就可以使用它内部包含的基础函数进行相应的操作。但是当我们使用R进行一些特定的数据处理，R中内置的基础功能未必能满足相应的需求，这个时候我们需要安装一些特定的R包来实现我们的需求。R 包是函数、数据和文档的集合，是对 R 基础功能的扩展。只有学会如何使用 R 包，才能真正掌握 R 语言的精华。
• 通俗来讲，R软件相当于我们买到的一部智能手机，手机本身有其自带的app可以完成一些基本功能。之后我们想在手机上使用微信功能，我们就要安装微信的app，我们想使用简书，就要安装简书app。
• 对于我们进行生物信息学分析时，我们安装的R包有两个来源，一类R包来自于 CRAN（comprehensive R archive network）（https://cran.r-project.org/），另一类R包来自于 Bioconductor 网站(https://www.bioconductor.org/)。
• 我们如何判断我们电脑中是否安装了对应的R包：
  我们可以加载该包，如果没报错，证明电脑已经安装该包，加载后可以使用相应的功能，如果报错了，则证明电脑里没有这个R包，我们需要先进行安装

#加载R包
library(包的名称)

• 如何判断我们要安装的R包来自于CRAN还是Bioconductor：
  因为不同来源的R包具有不同的安装方式，所有要首先判断R包的来源，再进行安装，最简单的方法是将R包的名称输入到搜索引擎中，然后根据检索结果即可轻松判断该包的来源，这里举两个例子方便说明：
  a. 绘制生存曲线的survminer包（CRAN来源）

  
  
  survminer包检索结果
  
  

  b. 处理RNA-seq COUNT数据格式的DESeq2包（Bioconductor来源）

  
  
  DESeq2包检索结果

2. CRAN来源包下载：

options(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
if(!require("包名")) install.packages("包名",update = T,ask = T)#个人习惯更新R包，如果更新过程中有报错，解决起来比较麻烦，可以将参数改为update=F, ask=F
#加载R包检查是否安装成功
library(包名)

3. Bioconductor来源包下载：

要安装Bioconductor来源的R包，首先要安装一个叫BiocManager的包，这个包来自于CRAN，因此我们要先按照CRAN来源包的下载方式下载BiocManager包。

#仅第一次使用
options(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = T,ask = T)

安装了BiocManager包后，以后只需要加载该包即可，无需再次安装

#首先加载BioManager包
library(BiocManager)
#安装Bioconductor来源包
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
if(!require("包名")) BiocManager::install("包名",update = T,ask = T)
#加载R包检查是否安装成功
library(包名)