收集细胞注释marker(持续更新)

"Myeloid": ["PTPRC", "CD68", "CD14", "CSF1R", "CD163", "LYZ"],
"T cells": ["CD3D", "CD3E", "CD3G", "CD2"],
"NK": ["NCAM1", "KLRF1", "KLRD1", "KLRG1", "GNLY", "NKG7", "FCGR3A"],
"Fibroblast": ["COL1A1", "COL1A2", "DCN", "LUM"],
"B cells": ["MS4A1","CD79A","CD19", "MZB1", "JCHAIN"],
"Plasma cells": ["CD38", "XBP1", "SDC1", "IGKC", "IGHG1", "IGHA1", "IGKC", "JCHAIN"],
"Endothelial": ["PECAM1", "VWF", "CDH5"],
"Epithelial": ["EPCAM", "YAP1", "CDH1", "MUC1", "ALDH1A1", "KRT8", "KRT18", "KRT19"],
"Mast cells": ["MS4A2", "KIT", "TPSAB1", "TPSB2"],
"Oligodendrocyte": ["MAG", "CLDN11", "APLP1", "TMEM144", "CNDP1", "EDIL3", "LARP6", "MOG", "AMER2", "TUBB4A"],
"Pericyte": ["COL1A2", "COL6A2", "PDGFRB", "COL3A1", "EDNRA", "LUM", "COL1A1", "PLAC9", "FRZB"],

'HLA_gene': ['HLA-A', 'HLA-B', 'HLA-C', 'HLA-E', 'HLA-F', 'HLA-G', 'HLA-DPA1', 'HLA-DPB1', 'HLA-DQA1', 'HLA-DQB1', 'HLA-DRA', 'HLA-DRB1', 'HLA-DRB5', 'HLA-DOA', 'HLA-DOB', 'HLA-DMA', 'HLA-DMB'],
'inflame_gene': ['IL1A', 'IL1B', 'IL6', 'CXCL1', 'CXCL2', 'CXCL3', 'CXCL5', 'CXCL8', 'CCL2', 'CCL3', 'CCL4', 'CCL20', 'PTGS2', 'VEGFA'],
'M2': ['CD274', 'PDCD1LG2', 'CD276', 'CD163', 'MRC1', 'ARG1', 'IL10', 'FOLR2', 'CD209'],
'M1': ['CD80', 'CD86', 'IL6', 'IL12A', 'IL12B', 'TNF', 'FCGR1A', 'FCGR3A', 'FCGR2A'],
'phagocytosis': ['MERTK', 'LRP1', 'CR1', 'TREM2', 'SIRPA', 'SIGLEC10', 'LILRB1']

'Gastric cancer': ['CST1', 'CXCL9', 'CXCL10', 'CXCL11', 'UBD', 'IDO1', 'MMP7', 'CLDN1', 'APOC1', 'OLFM4', 'CLDN3', 'CDH17', 'SPP1', 'COL10A1', 'CXCL8', 'CXCL1', 'SULF1', 'MMP11', 'SFRP4', 'THBS4', 'THBS2', 'BGN', 'FNDC1', 'COL8A1', 'ASPN', 'VIL1', 'MUC3A', 'INHBA']
'Exhaustion signature': [CXCL13, HAVCR2, PDCD1, TIGIT, LAG3, CTLA4, LAYN, RBPJ, VCAM1, GZMB, TOX, MYO7A]
'Effector memory signature': [PRF1, IFNG, CCL4, HLA-DQA1, GZMK, GZMA, GZMH, CD44, DUSP2, KLRB1, KLRD1, CTSW]
'Effector cells': [IFNG, GZMA, GZMB, PRF1, GZMK, ZAP70, GNLY, FASLG, TBX21, EOMES, CD8A, CD8B]
'Checkpoint molecule': [PDCD1, CD274, CTLA4, LAG3, PDCD1LG2, BTLA, HAVCR2, TIGIT, VSIR, C10orf54]

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 211,123评论 6 490
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 90,031评论 2 384
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 156,723评论 0 345
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 56,357评论 1 283
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 65,412评论 5 384
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 49,760评论 1 289
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 38,904评论 3 405
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 37,672评论 0 266
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 44,118评论 1 303
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 36,456评论 2 325
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 38,599评论 1 340
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 34,264评论 4 328
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 39,857评论 3 312
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 30,731评论 0 21
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,956评论 1 264
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 46,286评论 2 360
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 43,465评论 2 348

推荐阅读更多精彩内容