### 定义输入输出文件
# 输入文件
fn="KE_J.txt"

# KEGG_to_GENE 输出文件
bed="KEGG_to_GENE.bed.txt"

# KEGG_to_KEGG 输出文件
of="KEGG_to_KEGG.bed.txt"
#

### 检查tmp文件
# 因为tmp文件是追加写入的，如果已存在会造成错误
if [ ! -f "./list1.tmp" ]
then
    echo "Checking tmp files"
else
    rm list1.tmp
fi
#
if [ ! -f "./list2.tmp" ]
then
    echo "Checking tmp files"
else
    rm list2.tmp
fi

### 生成KEGG于GENE的对应文件
# 计算行数
ln=`cat $fn | wc -l`
# 去掉第一行列名后，逐行运行
for ((i=2;i<=$ln;i++))
do
    # 提取KEGG通路名
    KEGG=`cat $fn | sed  -n ${i}p | awk -F, 'BEGIN{FS="\t"}{print $1}'`
    # 计算第八列中基因数(提取第八列后，awk以"|"为字段分隔符计算字段数)
    NUM=`cat $fn | sed  -n ${i}p | awk -F, 'BEGIN{FS="\t"}{print $8}' | awk -F, 'BEGIN{FS="|";ORS="\n"} {print NF}'`
    # 打印通路(f非必要1)
    echo $KEGG
    # 打印第一列KEGG通路，通路中对应多少基因就打印多少次
    for ((j=1;j<=$NUM;j++))
    do
        echo $KEGG >> list1.tmp
    done
    # 将基因名逐行打印，作为第二列
    cat $fn | sed  -n ${i}p | awk -F, 'BEGIN{FS="\t"}{print $8}' | awk -F, 'BEGIN{FS="|";ORS="\n"} { for(i=1;i<=NF;i++) print $i}' >> list2.tmp
done
# 合并KEGG和基因名，及得到KEGG于基因的对应文件
paste list1.tmp list2.tmp | sort | uniq > ${bed}
# 删除中间过程
rm list1.tmp
rm list2.tmp

### KEGG_to_KEGG
# 检查tmp文件
if [ ! -f "./KE_to.tmp" ]
then
    echo "Checking tmp files"
else
    rm KE_to.tmp
fi
#
if [ ! -f "./to_KE.tmp" ]
then
    echo "Checking tmp files"
else
    rm to_KE.tmp
fi
# 计算KEGG_to_GENE的行数
num=`cat $bed | wc -l`
# 逐行执行
for ((i=1;i<=$num;i++))
do
    # 提取行、KEGG、GENE信息
    term=`cat $bed | sed -n ${i}p`
    KEGG=`cat $bed | sed -n ${i}p | awk -F, 'BEGIN{FS="\t"}{print $1}'`
    gene=`cat $bed | sed -n ${i}p | awk -F, 'BEGIN{FS="\t"}{print $2}'`
    # 提取改行GENE在整个文件中出现的行数以及对应的KEGG通路
    ln=`cat $bed | grep ${gene} | wc -l`
    to_KE=`cat $bed | grep ${gene} | awk -F, '{FS="\t"}{print $1}'`
    # 输出与基因出现行数等量的KEGG通路
    for ((j=1;j<=${ln};j++))
    do
        cat $bed | sed -n ${i}p >> KE_to.tmp
    done
    # 输出GENE连接的通路
    cat $bed | grep ${gene} | awk -F, '{FS="\t"}{print $1}' >> to_KE.tmp
done
# 合并KEGG_to_GENE与GENE_to_KEGG,得到KEGG_GENE_KEGG列表
paste KE_to.tmp to_KE.tmp > KE_to_KE.tmp.txt
rm  KE_to.tmp
rm to_KE.tmp

### 筛选KEGG to KEGG 中自身比对项
# 检查tmp文件
if [ ! -f "./bed_juj.tmp" ]
then
    echo "Checking tmp files"
else
    rm bed_juj.tmp
fi
# 逐行运行
ln=`cat KE_to_KE.tmp.txt | wc -l`
for ((i=1;i<=$ln;i++))
do
    # 同行KEGG相同的打印SAME，否则DIFF,由于KEGG中存在空格，需要空格转"_"进行对比
    cat KE_to_KE.tmp.txt | sed 's/ /_/g' | sed -n ${i}p | awk -F, 'BEGIN{FS="\t";OFS="\t"}{if ($1==$3){print$1,$2,$3,"SAME"}else{print $1,$2,$3,"DIFF"}}' >> bed_juj.tmp
done
# 筛选标出“DIFF”的行，并恢复空格
cat bed_juj.tmp | awk 'BEGIN{FS="\t";OFS="\t"}$4=="DIFF"'| awk 'BEGIN{FS="\t";OFS="\t"}{print $1,$2,$3}' | sort | uniq | sed 's/_/ /g'  > KEGG_GENE_KEGG.txt
cat KEGG_GENE_KEGG.txt | awk 'BEGIN{FS="\t";OFS="\t"}{print $1,$3}' > ${of}
rm KE_to_KE.tmp.txt
rm bed_juj.tmp