社会科学与自然科学的差异：
社会科学与自然科学二者从本质上来说区别在于三大方面:本体论、认识论、方法论。本体论就是研究世界的本质是什么。自然科学是深究存在于世界上的永恒的真理，社会科学则是对现实社会的解读，也就是了解已经形成的世界。本体论方面的差异又导致认识论方面的差异。认识论即对人类知识起源、本质等的探索。自然科学寻求的是通过典型的例子可以了解一类的东西，比如说如果了解了一个圆就可以应用到很多地方社会科学是想要了解所有个案组成的总体状况。本体论和认识论是为了说明方法论的，方法论方面自然科学家更倾向于通过实验的方法，多采用如观察法、调查法、实验法、分类法、 测量法等客观的方法，能更好地隔离外在的一些影响因素；但是社会科学家们运用观察数据，引进了自然科学的方法，采用实证的方法，这些观察数据是一定会受到外在事物的影响，没有哪个实验是能够纯粹的排除外界的影响，达到自然科学实验的效果的。
研究对象及其与研究者关系方面的差异。i.社会科学的研究对象是人类社会，人的心理或者现实行为本身，自然科学的研究对象是自然界，是没有人直接参与其中的。人类社会于自然界的同一性决定了社会科学研究可以而且应当学习借鉴自然科学的某些方法；ii.研究对象具有不可重复性、个性事件、难以模拟、难以控制、复杂性、难以简单化、难以量化、认识对象反作用等特点，它意味着社会科学研究需要抽取更多的样本，而且难以作出精确的长期预测，研究结果的推广范围小。而自然科学的研究对象则这一方面的约束相对较少，因为能够更好的量化，并作出相应的精准预测，研究结果的推广范围大；iii. 社会科学的研究更多地受研究者主观因素的影响，包括研究者的阶层地位、政治倾向、文化观念、宗教信仰、知识结构和时空环境等因素，而自然科学研究则不存在这个问题；iv.研究社会科学问题要联系基本的历史联系，必须坚持逻辑与历史相统一。（自然科学研究对象是自然界，社会科学研究对象是人类社会）
与自然科学相比较，社会科学所进行的研究很少是能够在实验中得到确定数据资料的。正如上文提到的二者在方法论上的差异那样，对此我认为有以下几方面原因。首先，社会科学中要探究的社会个体与自然科学中的一个个分子结构相比是不断变化的、非常复杂的，难以在实验中情景模拟出来或者对其进行控制。接着，实验中的数据分析与真正在社会中存在的情境还是相差甚远的。即使实验取得成功，在实验外、真实社会中效度也不见得那么完好，说得更直白一些，实验根本无法反映社会中的情景。还有一点也是社会科学无法从纯粹实验中获得精准数据的原因:社会伦理的限制。比如，检验儿童是否具有对毒药的天生免疫力类似的实验在社会伦理上来说是肯定不允许做的。
当代科学在深度分化的基础上高度综合，自然科学与社会科学、自然科学方法论与社会科学方法论也在新的时代条件下呈现既互相区别又相互交叉，相互借鉴和彼此融合的趋势，当代复杂性科学及其方法论对于人类更加全面和深入的认识世界具有非常重要的作用。
