在进行差异基因表达分析时,得到显著差异基因后,接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能,常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析,今天为大家介绍在线分析工具的使用——DAVID与KOBAS。
Step1:打开网站https://david.ncifcrf.gov/ ,进入DAVID首页,然后点击Start Analysis;
Step2:输入所需要富集的显著差异基因的基因名,并在select identifier中选择official_gene_symbol,然后在gene type中选择type list,最后点击submit list;
Step3:由于本次分析使用的是人类癌细胞,故在list和background中的物种都选择homo sapiens,读者可根据自己研究物种的类型进行选择;
Step4:由于下游的富集分析需要使用gene ID,需要进行基因名到基因ID的转换;
下载转换后的结果;
复制转换后的ID号,为富集做准备;
Step5:把转换后的ID输入网站http://kobas.cbi.pku.edu.cn/anno_iden.php,根据研究对象类型,进行相应选择;
选择KEGG Pathway与GO,点击Run;
得到富集结果如下:
点击任意Term,便可得到相应的pathway,下图为CELL CYCLE 的通路。
GO与KEGG富集分析,往往同时出现在不同场合,DAVID其实就可以做GO与KEGG富集分析,但相比之下,KOBAS画出的图更赏心悦目,但KOBAS不支持直接输入gene symbol ,所以我们常常联合使用DAVID和KOBAS。
除此之外,他们还有其他很多强大的功能,路漫漫其修远兮,和小博一起慢慢探索吧。
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