具有法律资格的鉴定机构的亲子鉴定结果有效。允许夫妻私下进行亲子鉴定，法律承认具有亲子鉴定资格的医疗机构出具的证明。但如果是单方面鉴定，作为证据，很容易被对方质疑和推翻。
亲子鉴定必须经当事人同意，法院不得强制取证。双方同意鉴定的，应当予以批准。在处理此类案件时，亲子鉴定结论应作为鉴定亲子关系的证据之一，并与案件的其他材料进行核实、综合分析和正确判断。法院普遍认为，未经有关部门批准，亲子鉴定结果不具有法律效力。司法程序确实需要亲子鉴定的，也应当到司法机关指定的机构进行鉴定。
当事人坚持拒绝鉴定的，可以依照《民事诉讼证据若干规定》“有证据表明，一方无正当理由拒绝提供证据。对方声称证据的内容不利于证据持有人的，可以推定声称成立”根据规定，综合整个案件的其他证据和案件，确定是否有亲子关系。
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否认亲子关系的诉讼：如果父亲或母亲起诉至人民法院，希望否认与子女之间的亲子关系，并能提供充足证据表明对方拒绝进行亲子鉴定且无相反证据支持，法院可能会支持起诉方的主张，确定亲子关系不存在。
