mood: 生日 & 新公司入职的第一天, happy birthday~
来的第一件事,环境配置 & Anaconda学习,记录如下:
1 Anaconda安装
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2019.07-Linux-x86_64.sh
sh Anaconda3-2019.07-Linux-x86_64.sh
2 创建conda子环境
默认安装完环境是base环境,考虑到 python 2.7即将被淘汰,python3.7有的软件不支持,所以创建了一个python 3.6的版本
conda create -n python-3.6 python=3.6
其中-n后面接的是子环境名字,可自主命名,此例中为python-3.6。
查看环境和channel
conda info --env
conda config --show channels
3 进入子环境,安装bioconda库中软件
conda activate python-3.6
conda install -c bioconda bowtie2
conda deactivate
4 更新包、删除包
conda update <packagename>
conda update -n python-3.6 <packagename>
conda remove <packagename>
参考资料: Anaconda简单入门
2020 / 04 / 02 安装bioperl一直装不上,换了中科大的源,成功。参考资料:
annconda换国内源
https://www.datalearner.com/blog/1051522465164324
2020 / 06 / 09 利用yml文件移植环境
# 导出环境配置
conda env export > environment.yml
# 创建环境
conda env create -f environment.yml
参考资料:简书:Anaconda开发环境的自动部署