TCGA基因ID的转换为基因symbol

#BiocManager::install("org.Hs.eg.db")
#1、TCGA基因ID的转换
library(stringr)
exp$Ensembl_ID <- rownames(exp)
exp$Ensembl_ID=str_sub(exp$Ensembl_ID,1,15)
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
# 查看org.Hs.eg.db 包提供的转换类型
keytypes(org.Hs.eg.db)
# 需要转换的Ensembl_ID
Ensembl_ID <- exp$Ensembl_ID
# 采用bitr()函数进行转换
gene_symbol <- bitr(Ensembl_ID, fromType="ENSEMBL", toType=c("SYMBOL", "ENTREZID"), OrgDb="org.Hs.eg.db")
# 查看转换的结果
head(gene_symbol)

gene_symbol= gene_symbol[match(exp$Ensembl_ID,gene_symbol$ENSEMBL),]#匹配到表达矩阵中
exp$SYMBOL <- gene_symbol$SYMBOL
#整理去重，把重复的取平均值

exp <- exp[,-(ncol(exp)-1)]
exp2<-avereps(exp,ID=exp$SYMBOL)
exp2 <- as.data.frame(exp2)
exp2 <- exp2[!is.na(exp2$SYMBOL),]#去除没有匹配的
rownames(exp2) <- exp2$SYMBOL
exp <- exp2[,-ncol(exp2)]
```r

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