根据教程准备试着处理一下GSE的其他数据,发现对于多组数据很难简单的复现,待后续探索完善再补更;先复习LINUX;
(1)下载数据及读取
rm(list = ls())
options(stringsAsFactors = F)
library(GEOquery)
eSet <- getGEO("GSE94648",
destdir = '.',
getGPL = F)
exp <- exprs(eSet[[1]])
exp[1:4,1:4]
pd <- pData(eSet[[1]])
gpl <- eSet[[1]]@annotation
save(pd,exp,gpl,file = "step1output.Rdata")
(2)多组数据GEO的R包处理