首先,在http://www.plabipd.de/portal/mercator-sequence-annotation网站中将自己的序列进行比对获取BIN号,注释文件的格式是col1\tcol2\tgenename\tdescription,其中实验数据中的名称需要与genename相同才可以
注:IS_DNA:Sequence file contains DNA sequence:此选项务必勾选
第二,进入https://mapman.gabipd.org/home下载MAPMAN软件
第三,MAPMAN的Experiments数据中输入的是xls文件,建议第一行为每一列(从第二行开始)的名称,第一列从第二行开始为每一列的名称,数据顶着0行0列开始,没有空格
第四,MAPMAN的Pathway数据需要对应image
file和xml file,其中image file对应的是通路图,而xml file对应的是通路图每个位置所对应的BIN号,这两个文件下载地址为https://mapman.gabipd.org/mapmanstore中Pathways目录中
第五,MAPMAN的Mappings数据需要对应自己源序列对应的BIN注释文件,这个已经在上面步骤中提到
接下来,将更新cytoscape简易操作指南
本公众号接下来将提供更多的生信知识,与大家共同学习,提高和进步。希望本公众号可以成为生信入门者的敲门砖。