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最近在搭建多组学的生信流程云平台，需要用到一些分析的软件包，有一些比较难安装， 比如 HALLA
安装要求
- python >= 3.7
- R-base >= 3.6.1
1. 直接conda安装， 失败 ！
conda install bioconda::halla
conda install biobakery::halla
2. pip 安装 ， 失败 ！！
pip install halla --no-binary :all:
pip install halla -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
3. pip 手动安装
- 安装python依赖包
pip install numpy scipy scikit-learn matplotlib pandas seaborn statsmodels pyyaml tqdm rpy2 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
## 很遗憾， rpy2 没有装上
## conda 安装试一下
conda install conda-forge/label/broken::rpy2 -y
- 安装R依赖包
install.packages("eva", repos = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
install.packages("XICOR", repos = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
- 下载 halla包
git clone https://github.com/biobakery/halla.git ## 下载失败 ！！！（可能是网络问题）
## 最后手动下载，上传到服务器
cp halla-master.zip ./halla-master.zip
unzip halla-master.zip
- 解压，运行setup安装
cd halla-master
python setup.py install
pip install rpy2 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
