#1，我们先下载毛果杨的基因组文件和GFF注释文件，自己去NCBI下：（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_000002775.5/），选Genbank的。
#2，我们将GFF文件和genomic.fna文件上传到服务器，并重命名下，Ptri_genome.gff和Ptri_genome.fa。
#3，安装hisat2
conda install hisat2
#4，对基因组构建索引，大概15min
hisat2-build Ptri_genome.fa genome
#5，生成批量的hisat2命令：
awk'{print "nohup hisat2 -x genome -1 "$1".clean.fq.gz -2 "$2".clean.fq.gz -S "$3".sam > "$3".temp.txt 2>&1 &"}'sample.txt >command_hisat2.sh
#6，查看command_hisat2.sh文件
#7，运行，将转录组比对到基因组上，文件已经有挂载的，估计得好几个小时。
sh command_hisat2.sh
#8，安装samtools软件
conda install samtools
#检查软件是否可用，若有报错请看教程（https://www.cnblogs.com/nkwy2012/p/8986106.html）（https://zhuanlan.zhihu.com/p/408869413）
samtools
#9，生成批量的samtools命令
awk'{print "samtools view -bS "$3".sam > "$3".bam &"}'sample.txt >command_samtobam.sh
#10，查看command_samtobam.sh
#11，运行，约1h。
nohup sh command_samtobam.sh &
#12，生成批量的sort.bam文件命令
awk'{print "samtools sort -o "$3".sort.bam "$3".bam &"}'sample.txt >command_sort.sh
#13，检查command_sort.sh
#14，运行，约30min。
sh command_sort.sh
#15，最终得到了sort.bam文件，共6个，sam和bam文件删掉，只留sort.bam文件。
#16，或者从步骤5开始使用for循环：
for i in {1..3};do hisat2 -x genome -1 WT${i}_1.clean.fq.gz -2 WT${i}_2.clean.fq.gz -S WT${i}.sam;done;
for i in {1..3};do hisat2 -x genome -1 OE${i}_1.clean.fq.gz -2 OE${i}_2.clean.fq.gz -S OE${i}.sam;done;
for i in {1..3};do samtools view -bS WT${i}.sam > WT${i}.bam;done;
for i in {1..3};do samtools view -bS OE${i}.sam > OE${i}.bam;done;
for i in {1..3};do samtools sort -o WT${i}.sort.bam WT${i}.bam;done;
for i in {1..3};do samtools sort -o OE${i}.sort.bam OE${i}.bam;done;
#钢之炼金术师
