上Genome Announcements网站（https://mra.asm.org/）找一篇细菌基因组文章；找到文章记载的SRA号；

捕获.JPG

2.JPG

• 从SRA数据库上用prefetch下载该文件；
  语法如下：

mkdir bacterial_genome
 cd bacterial_genome
prefetch SRX6871076

运行结果：

捕获.JPG

• Fastq-dump解压；
  语法如下:

fastq-dump ---gzip -split-files ~/ncbi/public/sra/SRX6871076.sra

运行结果：

2.JPG

• Fastqc质控；去接头；
  语法如下：

 fastqc SRX6871076_1.fastq.gz
 fastqc SRX6871076_2.fastq.gz
mkdir trim
java -jar ~/Biosofts/Trimmomatic-0.38/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar PE -phred33 SRX6871076_1.fastq.gz SRX6871076_2.fastq.gz ./trim/output_forward_paired.fq.gz ./trim/output_forward_unpaired.fq.gz ./trim/output_reverse_paired.fq.gz ./trim/output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:/home/Biosofts/Trimmomatic-0.38/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq2-PE.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:5:20 LEADING:20 TRAILING:20 MINLEN:75

运行结果：

捕获.JPG

对匹配上正向反向的序列再次用fastqc，语法如下：

fastqc output_forward_paired.fq.gz
fastqc output_reverse_paired.fq.gz

• Spades组装基因组草图；
  语法如下：

 spades.py --careful --pe1-1 SRX6871076_1.fastq.gz --pe1-2 SRX6871076_2.fastq.gz -o ./SPAdesout_9209170_new

结果如下：

捕获.JPG

• Quast评价组装的基因组效果

quast.py ~/bacterial_genome/SPAdes_out_SRX6871076/contigs.fasta -o ~/SPAdes_out_SRX6871076/quast_out

出现以下问题

1.JPG

尝试了更改虚拟机设置内存重新开机后，结果如下：