- bedtools工具包bamtofastq转换工具
name=my_sample
cd /Lustre02/mrBug/00.project/19.LKR_36_lnc/01STAR_mapping/${name}
samtools sort -n Aligned.sortedByCoord.out.bam -o sort.bam
cd /Lustre02/mrBug/00.project/19.LKR_36_lnc
/Lustre01/husilu/software/bedtools2/bin/bedtools bamtofastq -i /Lustre02/mrBug/00.project/19.LKR_36_lnc/01STAR_mapping/${name}/sort.bam -fq ${name}_1.fq -fq2 ${name}_2.fq
gzip ${name}*fq
ps：首先要对bam文件按照name进行sort。命令写的不够漂亮，纯属个人习惯，两次cd到目标路径并在当前路径下运行产生文件输出，就是为了减少整个运行命令的长度，另外也没有加管道直接输出到gz文件中（便于理解）。
- picard中的SamToFastq转换工具
name=my_sample
cd /Lustre02/mrBug/00.project/19.LKR_36_lnc/01STAR_mapping/${name}
samtools sort -n Aligned.sortedByCoord.out.bam -o sort.bam
cd /Lustre02/mrBug/00.project/19.LKR_36_lnc
java -Xmx2g -jar /Lustre01/husilu/software/picard.jar SamToFastq \
I=/Lustre02/mrBug/00.project/19.LKR_36_lnc/01STAR_mapping/${name}/sort.bam \
FASTQ=${name}_1.fastq.gz \
SECOND_END_FASTQ=${name}_2.fastq.gz \
UNPAIRED_FASTQ=${name}_0.fastq.gz
ps：同上，先按照name进行sort，picard直接生成gz文件。
- samtools亦可进行bam文件（到fq）的转换
name=my_sample
cd /Lustre02/mrBug/00.project/19.LKR_36_lnc/01STAR_mapping/${name}
samtools sort -n Aligned.sortedByCoord.out.bam -o sort.bam
cd /Lustre02/mrBug/00.project/19.LKR_36_lnc/new
samtools fastq /Lustre02/mrBug/00.project/19.LKR_36_lnc/01STAR_mapping/${name}/sort.bam -N -v 0 -c 1 -1 ${name}_1.fastq.gz -2 ${name}_2.fastq.gz
ps: samtools中用到的参数：*-N always append /1 and /2 to the read name（即给reads加上“/1 or /2”标签）*；*-v INT default quality score if not given in file [1]（即对read按找给定的质量进行过滤，这里设置为0不过滤，尽量保留原有的reads）*；其后的-1和-2则是指定输出。其他参数自行--help。
总结一下
此三种方法，某均已试过，参数如上。进行转换的目的则是问了弥补fq文件的“丢失”，不知列位是否也有遇到丢失测序数据的情况。但是这三种转换并未都能如期达到我的目的。首先，第一种方法会将multi mapped reads过多的解读并输出到fq中，导致数据比原先增大，同时也过多产生一些unmapped reads，数据整体质量下降，不适合用来弥补fq。其次，第二和第三种方法仅仅将bam文件中mapped reads进行还原，产生的fq再次进行基因组比对时，均达到100%的map率，显然也不合理；后来我check了bam文件，发现原来STAR产生的bam文件不包含（包含uni mapped 和 multi mapped）unmapped；这就是源头的问题了。这也提醒了我，以后在分析时候保证数据完整（mapped和unmapped都输出），即使文件有所丢失也能弥补。同时某在biostar查阅了相似的问题，确实如某所言呐。（链接就不贴了，自行检索涨知识，更深刻）
