（本文因MultiQC安装时出现的很多问题尚未解决，仅供参考，后期如果解决还会更新）
MultiQC简介：
fastqc是一款基于java的软件，能够对测序数据的质量进行评估。一个样本生成一个报告，当样本量过多时，逐一查看样本质量就稍显不方便，multiqc是一个基于Python的模块, 用于整合其它软件的报告的软件，能将fastqc生成的多个报告整合成一个报告的软件，这样能方便的查看所有测序数据的质量。
MultiQC的安装
因之前已经安装过conda，所以使用conda安装
conda install -c bioconda multiqc
出现了错误
再尝试一下更新conda后，再次安装
conda update -n base conda
conda update --all
conda install -c bioconda multiqc
还是失败了。。。
查了很多资料，没能解决，只能换一种安装方式
pip安装，首先要安装pip
pip install --upgrade pip
pip install multiqc
 pip安装成功了，但multiqc安装又出现了问题。。。 ![WG%GXXID]1DCQUG323UO0B.png](https://upload-images.jianshu.io/upload_images/19791135-bfbbba1d179b9e3a.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240)
我在网上查了一下好像是权限的问题，于是我进入root用户，重新安装pip，再安装multiqc试一下。
su root
apt install python-pip
pip install multiqc
发现还是同样的问题。。。
我还尝试了https://blog.csdn.net/qq_41204464/article/details/89433747
这篇文章中说的，更改权限
cd /usr/lib/python2.7/dist-packages/pip
vi __main__.py
#将最后一行的sys.exit(pip._main())改成sys.exit(pip.__main__._main())
再次尝试还是出错了。。
重启后，再次尝试一下，结果出现了不一样的错误
实在没有办法了
在MultiQC官网上找到了另外的一个方法
git clone https://github.com/ewels/MultiQC.git
python setup.py install
multiqc .
还是出错了。。。
运行MultiQC
先cd到含有目标文件的位置，然后运行
multiqc
fastqc test_7942raw_1.fq.gz test_7942raw_2.fq.gz
multiqc test_7942raw_1_fastqc.zip test_7942raw_2_fastqc.zip
最后将得到的multiqc_report.html 下载到本地，用浏览器查看
参考资料：
//www.greatytc.com/p/85da4dcc6020
//www.greatytc.com/p/f83626fd1fa1
