生信技能树数据挖掘课程学习笔记
1.函数与参数
(1)形式参数与实际参数 seq(from=3,to=21,by=3)
- 函数
seq
- 形式参数
from
to
by
,函数作者设计的,熟练后可不写 - 实际参数
3
21
3
,使用者可改的
(2)写函数的函数
(3)默认参数 作者会设计很多参数,但只有前1~n个是必须填的,其他的参数都有 默认值。
2.R包(R package)介绍
3.R包来源 (1)CRAN网站 (2)Bioconductor (3)github
4.用于R包安装的函数
从哪里来/怎么安
- CRAN:
install.packages("stringr")
- Biocductor:
BiocManager::install("ggplot2")
- Github:
devtools::install_github("jmzeng1314/biotrainee")
安装后需加载 library()
require()
一次安装,每次打开新的session都要加载
5.(国内)R包安装前需设置镜像
方法1:tools--global option-packages
方法2:代码设置
options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
6.R包安装和使用的逻辑
(1) 安装包→加载包→使用包里的函数 library()是检查是否安装成功的标准
install.packages("stringr")
library(stringr)
str_detect(x,"a")
(2) 已安装、不加载,直接使用BiocManager::install()
dplyr::filter()
包名 ::函数名,表示显式的指定用某个包里的某个函数, 通常用于实战中仅用一次的函数,也适用于两个包中的函数 名有冲突的情况。
7.常见疑问
(1)大片提示信息 检查是否有error,没有就忽略
(2)package not available 原因1:包名写错 2:安装命令使用错误 3:本机的R语言版本与包所要求的版本不符
(3)是否更新? 懒惰策略:能不更新就不更新,除非一直报错。不想回答:安装命令加参数:update = F, ask = F
(4)加载A包,报错B包不存在 问是否更新的、“不存在”的是依赖包
(5)报错中有connection或url、404、http 网络限制了你的进步
满分操作:判断式安装
if(!require(stringr))install.packages("stringr")
8.R包如何使用—获取帮助
(1)快速查看函数帮助文档 ?max
或者help("max")
看描述/参数/实例 example(seq)
(2)找R包介绍页面(CRAN或Bioconductor)
(3)少数R包有cheatsheets