bowtie2
测序数据分析软件，Bowtie是一个超快的，存储高效的短序列片段比对程序。它能够以每小时处理2500万35bp reads的速度，将短的DNA序列片段（reads）比对到人类基因组上。
对参考序列构建index
bowtie2-build genome.fasta index
bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1<m1> -2 <m2> | -U <r>} -S [<hit>]
bowtie2 -x all_contamination_ref.db -p 10 --very-sensitive
-1 01_cleandata/${infile}/${infile}_clean_R1.fq
-2 01_cleandata/${infile}/${infile}_clean_R2.fq
--un-conc 02_removed_host/${infile}/${infile}_paired_clean%.fq
--al-conc 02_removed_host/${infile}/${infile}_paired_contam%.fq
必须参数：
-x <bt2-idx>由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。
-1 <m1>双末端测寻对应的文件1。可以为多个文件，并用逗号分开；多个文件必须和-2<m2>中制定的文件一一对应。比如:"-1flyA_1.fq,flyB_1.fq -2 flyA_2.fq,flyB_2.fq".测序文件中的reads的长度可以不一样。
-2 <m2>双末端测寻对应的文件2.
-U <r>非双末端测寻对应的文件。可以为多个文件，并用逗号分开。测序文件中的reads的长度可以不一样。
-S <hit>所生成的SAM格式的文件前缀。默认是输入到标准输出。
输出参数
-t/--time --un <path> 将unpaired reads写入到<path>.
--un-gz <path> 将unpairedreads写入到<path>, gzip压缩.
--un-bz2 <path> 将unpairedreads写入到<path>, bz2压缩.
--al <path> 将至少能比对1次以上的unpairedreads写入<path>.
--al-gz <path> ... ,gzip压缩.
--al-bz2 <path> ... ,bz2压缩.
--un-conc <path> 将不能和谐比对的paired-endreads写入<path>.
--un-conc-gz <path> ... ,gzip压缩.
--un-conc-bz2 <path> ... ,bz2压缩.
--al-conc <path> 将至少能和谐比对一次以上的paired-endreads写入<path>.
--al-conc-gz <path> ... ,gzip压缩.
--al-conc-bz2 <path>... ,bz2压缩.
下载
wget https://nchc.dl.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/2.3.5.1/bowtie2-2.3.5.1-linux-x86_64.zip
unzip bowtie2-2.3.5.1-linux-x86_64.zip
vim ~/.bashrc
export PATH="/data/hushy/tools/bowtie2:$PATH"
source ~/.bashrc # source命令通常用于重新执行刚修改的初始化文件
bowtie2 --help
bowtie和bowtie2用法详解
Linux---bowtie2比对软件的安装及用法
生信软件 | bowtie2（测序序列与参考序列比对）
