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VAPiD: a lightweight cross-platform viral annotation pipeline and identification tool to facilitate virus genome submissions to NCBI GenBank
我们提出了病毒注释流水线和鉴定(VAPID) ，一个便携式和轻量级的命令行工具，用于病毒基因组的注释和 GenBank 沉积。VAPiD 支持几乎所有未分段病毒基因组的注释。该管道已在人类免疫缺陷病毒、人类副流感病毒1-4、人类偏肺病毒、人类冠状病毒(229E/OC43/NL63/HKU1/SARS/MERS)、人类肠病毒/鼻病毒、麻疹病毒、流行性腮腺炎病毒、甲型戊型肝炎病毒、 Chikungunya 病毒、登革热病毒和西尼罗河病毒，以及人类多瘤病毒(BK/JC/MCV)、人类腺病毒和人类乳头状瘤病毒上得到验证。该程序可以处理个别或批量提交给基因银行的不同病毒，并正确地注释多种病毒，包括那些包含核糖体滑移或 RNA 编辑而事先不知道要注释的病毒。VAPiD 是用 Python 编写的，并且与 Windows、 Linux 和 Mac OS 系统兼容。
https://github.com/rcs333/VAPiD
Prediction of proteinase cleavage sites in polyproteins of coronaviruses and its applications in analyzing SARS-CoV genomes
最近，我们开发了一个冠状病毒特异性基因检测系统 ZCURVE _ CoV 1.0。本文通过考虑多蛋白中病毒蛋白酶切割位点的预测，对该系统进行了进一步的改进。类3C 蛋白酶和类木瓜蛋白酶的切割位点高度保守。基于传统的位置权矩阵方法，该方法还充分考虑了3C 样蛋白酶和木瓜蛋白酶切割的非结构蛋白的长度守恒性，以降低假阳性预测率。改进后的系统 ZCURVE _ CoV 2.0已经在 GenBank 中的24个完全测序的冠状病毒基因组中的每一个上运行。因此，所有的非结构蛋白质在24个基因组准确预测。与已知注释相比，本方法的性能令人满意。软件 ZCURVE _ cov 2.0可在 http://tubic.tju.edu.cn/sars/免费获得。
