关于原理部分和更详细的介绍，见HiC-Pro: Hi-C数据预处理高效工具, 这里只介绍如何快速使用Singularity的HiC-Pro进行数据分析。
关键内容就是，config-hicpro.txt 里的文件路径信息都必须是绝对路径，否则默认都位于annotation目录下。切记，切记，切记。
第零步: Singularity的HiC-Pro镜像下载,
# 下载
mkdir -p /opt/biosoft/HiC-Pro
cd /opt/biosoft/HiC-Pro
wget https://zerkalo.curie.fr/partage/HiC-Pro/singularity_images/hicpro_latest_ubuntu.img
# 使用
singularity exec /opt/biosoft/HiC-Pro/hicpro_latest_ubuntu.img HiC-Pro -h
第一步：建立输入数据文件夹, 数据不能是软连接形式，只能是复制或者移动
mkdir -p fastq/xxx
cp xxx_R1.fastq.gz xxx_R2.fastq.gz fastq/xxx/
# 如果有多个样本
mkdir -p fastq/yyy
cp yyy_R1.fastq.gz yyy_R2.fastq.gz fastq/yyy/
第二步：创建参考数据库，需要修改ENZYME
ENZYME=DpnII
# build reference
mkdir reference
mv 你的参考序列.fasta reference/genome.fa
# enzyme site
singularity exec /opt/biosoft/HiC-Pro/hicpro_latest_ubuntu.img \
/usr/local/bin/HiC-Pro_2.11.4/bin/utils/digest_genome.py -r $ENZYME \
-o reference/genome_${ENZYME}.bed reference/genome.fa
# genome size
seqkit fx2tab -nl reference/genome.fa | awk '{print $1"\t"$2}' > reference/genome.chrom.size
# bowtie/2.3.4.3
singularity exec /opt/biosoft/HiC-Pro/hicpro_latest_ubuntu.img \
bowtie2-build --threads 60 reference/genome.fa reference/genome
第三步: 复制配置文件并修改
# config
singularity exec /opt/biosoft/HiC-Pro/hicpro_latest_ubuntu.img \
cp /usr/local/bin/HiC-Pro_2.11.4/config-hicpro.txt config-hicpro.txt
修改其中的如下项，
- N_CPU=80 线程数
- BOWTIE2_IDX_PATH: 必须是绝对路径，例如 /home/xzg/reference
- REFERENCE_GENOME=genome
- GENOME_SIZE=必须是绝对路径， 例如/home/xzg/reference/genome.chrom.size
- GENOME_FRAGMENT= 必须是绝对路径 例如/home/xzg/reference/genome_DpnII.bed
- LIGATION_SITE=根据实际酶切位点来, 例如DpnII和MBoI都是GATCGATC
第四步：运行
singularity exec /opt/biosoft/HiC-Pro/hicpro_latest_ubuntu.img HiC-Pro -i fastq -o results -c config-hicpro.txt ```
