前言
首先，对3个R包进行简单介绍。
methylkit：用于高通量亚硫酸氢盐测序的DNA甲基化分析和注释的R包。该包的目的是处理RRBS以及WGBS的测序数据。此外，也可以处理从Tab-seq或oxBS-seq获得的5hmC的碱基对分辨率数据。
DSS：该软件包专为高通量测序数据的差异分析而设计，依赖于bsseq包。它提供了用于分析RNA-seq 差异表达和亚硫酸氢盐测序 (BS-seq) 差异甲基化的功能。DSS 的核心是一个基于分层贝叶斯模型的程序，用于估计和缩小基因或 CpG 位点特异性分散，然后进行 Wald 检验以检测差异表达/甲基化。
dmrseq：这个包建立在bsseq包的基础上，bsseq包提供了亚硫酸氢盐测序数据的有效存储和操作以及对差异甲基化cpg的推断。dmrseq的主要目的是检测差异甲基化区域或CpGs。
功能比较
| 功能 | methylkit | DSS | dmrseq |
|---|---|---|---|
| 生物学重复 | 不需要 | 不需要 | 需要 |
| 筛选DML/DMR | fisher精确回归/逻辑回归 | wald检验 | GLS回归模型 |
| DML | ✔ | ✔ | × |
| DMR | ✔ | ✔ | ✔ |
| 注释 | ✔ | × | × |
| 可视化 | ✔ | ✔ | ✔ |
methylkit没有生物学重复时使用fisher精确回归，有生物学重复时使用逻辑回归。
methylkit的可视化比较丰富且好看，其他两个的可视化不多还不好看。
注释
3款R包的差异甲基化区域的筛选结果都可用于后续注释，注释一般用chipseerker包或者genomation包。methylkit注释用的是genomation包。
比较推荐chipseerker包，注释结果的输出和可视化都很好，但是无法对cpg岛进行注释。genomation包可注释cpg岛。
