首先在OS X 10.11中引入Rootless机制, 其作用如下:

1./System文件夹下的所有文件都不能被苹果应用以外的程序修改（例如各种安装器和升级部件）
2.当前的API例如task_for_pid不能在系统进程下被调用了。这意味着以前注入系统进程（Finder、Messages或者系统内核）的程序都不能用了。
3.有意思的是，rootless依然允许已签名的KEXT内核拓展被载入。问题是KEXT可以进行许多无限制的系统及操作。

所以我们不能直接修改/System文件夹下的所有文件, 如果是在OS X 10.11系统下,这里需要先将这个机制关掉. 关闭和开启Rootless机制的方法:
关闭:
1.重启电脑, 重启过程中按住command+R, 进入恢复模式
2.打开terminal，键入: csrutil disable
3.重启电脑

开启:
1.重启电脑, 重启过程中按住command+R, 进入恢复模式
2.打开terminal，键入: csrutil enable
3.重启电脑

=========接下来是更新Python的步骤=========
一. 使用brew安装python3(brew教程:http://www.cnblogs.com/TankXiao/p/3247113.html#brewsearch)

二. 移动python3.5到/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions 目录下

sudo mv (my path) /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions 

其中(my path)目录根据你实际的目录修改, 我的因为使用brew下载的, 所以是在/usr/local/Cellar/python3/3.5.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5

三. 第三步，修改文件所属的Group
设置Group为wheel，原来系统自带的就是这样的。

sudo chown -R root:wheel /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5

四. 第四步，更新一下Current的Link
在Versions的目录里有一个Current的link，是指向当前的Python版本，原始是指向系统自带的Python2.7.2，我们把它删除后，link就失效了，所以需要重新链一下

sudo rm /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/Current
sudo ln -s /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5 /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/Current

五. 第五步，重新链接可执行文件

1. 先把系统原来的执行文件删掉

sudo rm /usr/bin/pydoc
sudo rm /usr/bin/python
sudo rm /usr/bin/pythonw
sudo rm /usr/bin/python-config

2. 建立新的链接

sudo ln -s /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/bin/pydoc3.5 /usr/bin/pydoc
sudo ln -s /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/bin/python3.5 /usr/bin/python
sudo ln -s /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/bin/pythonw3.5 /usr/bin/pythonw
sudo ln -s /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/bin/python3.5m-config /usr/bin/python-config

六. 最后，更新一下.bash_profile文件

cd ~vim .bash_profile (只要能编辑就行)插入新的Python路径

# Setting PATH for Python 3.5

# The orginal version is saved in .bash_profile.pysave
PATH="/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/bin:${PATH}"
export PATH

七. 打开终端，输入python，结果如下：

622A2B4F-CAD5-4D34-837B-25998BD1E900.png

另外, 最后不知道是怎么回事, 所有配置都完成之后还是2.7, 然后我更新了下xocde(被我玩坏了, 想重新下载python的时候brew报错:Failure while executing: git config --local --replace-all homebrew.private t. xcode也打不开). 然后再打开终端输入python更新成功

参考链接:
http://jingyan.baidu.com/article/14bd256e39b63dbb6d261289.html
http://www.cnblogs.com/TankXiao/p/3247113.html#brewsearch
http://tadaland.com/os-x-rootless.html
http://www.liaoxuefeng.com/wiki/0014316089557264a6b348958f449949df42a6d3a2e542c000/0014316090478912dab2a3a9e8f4ed49d28854b292f85bb000