长读长测序系列文章-1
标题（英文）：Rapid adaptive radiation of Darwin’s finches depends on ancestral genetic modules
标题（中文）：达尔文雀的快速适应性辐射取决于祖先遗传模块
发表期刊：Science Advances
作者单位：乌普萨拉大学等
发表年份：2022
文章地址：https://doi.org/10.1126/sciadv.abm5982
最近的适应性辐射是研究生物多样性进化机制的模型。一个未解决的问题是新突变、祖先变异和渐渗杂交对于表型进化和物种形成的相对重要性。在本文种，研究者使用达尔文雀解决这个问题，并研究其表型多样性背后的基因组结构。对小型、中型和大型地雀的喙和身体尺寸的混合图谱显示，28 个基因座表现出强烈的遗传分化。这些基因座代表祖先单倍型块，其起源早于达尔文雀辐射期间的物种形成事件。在发育中的喙中表达的基因在这些基因组区域中过多。祖先单倍型构成了选择的遗传模块，并且是达尔文雀异常表型多样性的关键决定因素。这种祖先单倍型块对于物种如何适应环境变异和变化至关重要。
在该研究中，研究者使用Sentieon软件进行胚系变异检测。
该研究全面调查了单一适应性辐射的所有 18 个现存物种的基因组变异，然而，主要发现是，在物种形成过程中古代单倍型块的重复重组可能是快速辐射的一般特征。 对于物种如何适应环境变异和变化也具有普遍重要性。
长读长测序系列文章-2
标题（英文）：Population-genomic analyses reveal bottlenecks and asymmetric introgression from Persian into iron walnut during domestication
标题（中文）：群体基因组分析揭示了驯化过程中从波斯到铁核桃的瓶颈和不对称渗入
发表期刊：Genome Biology
作者单位：北京师范大学等
发表年份：2022
文章地址：https://doi.org/10.1186/s13059-022-02720-z
波斯核桃（Juglans regia）自然生长于从希腊到中国西部的地区，而其近亲铁核桃（Juglans sigillata）则是中国西南部的特有种；这两个物种都是为了获取坚果和木材而种植的。在这里，本研究推断出它们的人口历史以及它们之间可能的杂交和渗入的时间和方向。
在该研究中，研究者使用Sentieon软件进行胚系变异检测。
J. regia 和 J. sigillata 在驯化过程中似乎都遭受了种群数量的突然下降，这表明植物驯化的瓶颈情景很可能适用于至少一些多年生作物物种。来自引入的王树的基因渗入似乎在花树的驯化中发挥了作用。
Sentieon软件介绍
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