Install a package from Bioconductor
View the list of installed packages
Folder containing installed packages
在之前的文章中，我们发布了i）安装和启动R/RStudio，ii）R编程的基础，以及iii）在R中查找帮助文档。
在这里，我们将描述什么是R包以及如何安装和使用R包
什么是R包？
R包是R的一个扩展，它包含数据集和特定的函数来解决特定的问题。
R附带标准（或基本）包，其中包含基本功能和数据集，以及允许R工作的标准统计和图形功能。
还有数千个其他的R包可从CRAN、Bioconductor和GitHub存储库下载和安装。
安装后，必须首先加载包以使用包中的函数。
安装R包
软件包可以从CRAN（用于一般软件包）、Bioconductor（用于与生物学相关的软件包）或Github（开发版本的软件包）安装。
从CRAN安装软件包
函数install.packages（）用于从CRAN安装包。语法如下：
install.packages（“包名”）
例如，要安装名为readr的包，请键入以下命令：
install.packages（“readr”）
请注意，每次安装R包时，R可能会要求您指定CRAN镜像（或服务器）。选择一个靠近您的位置，R将连接到该服务器以下载和安装包文件。
还可以同时安装多个软件包，如下所示：
install.packages（c（“readr”，“ggplot2”））
从Bioconductor安装软件包
Bioconductor包含用于分析生物相关数据的包。在下面的R代码中，我们要安装R/Bioconductor包limma，它专门用于分析基因组数据。
要从Bioconductor安装软件包，请使用以下命令：
source（“https://bioconductor.org/biocLite.R”）
biocLite（“limma”）
从Github安装包
GitHub是一个对所有软件开发和数据分析都很有用的存储库，包括R包。它使分享你的包变得容易。你可以在这里阅读更多关于GitHub的信息：Git and GitHub, by Hadley Wickham.
要从GitHub安装一个包，可以使用R包devtools（由Hadley Wickham提供）。如果你的计算机上没有安装devtools，你应该先安装它。
例如，下面的R代码安装了A.Kassambara开发的最新版本的survminer R包（https://github.com/Kassambara/survminer）。
install.packages（“devtools”）
devtools：：install_github（“kassambara/survminer”）
查看已安装软件包的列表
要查看计算机上已安装软件包的列表，请键入：
installed.packages（）
请注意，在RStudio中，已安装软件包的列表位于“软件包”选项卡下的右下角窗口中（请参见下图）。
包含已安装包的文件夹
R包安装在名为library的目录中。R函数.libPaths（）可用于获取库的路径。
.libPaths（）
[1] “/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/Library”
加载并使用R包
要使用R包中可用的特定函数，必须使用 library() 加载R包。
在下面的R代码中，我们希望使用R包readr将文件（“http://www.sthda.com/upload/decathlon.txt”）导入R，该文件已在上一节中安装。
函数read_tsv（）[在readr中]可用于导入以制表符分隔的.txt文件：
#导入我的数据
library（“readr”）
my_data<-read_tsv（“http://www.sthda.com/upload/decathlon.txt”）
#查看前6行和前6列
#语法：my_data[行，列]
my_data[1:6，1:6]
查看加载的R包
要在R会话期间查看加载（或附加）包的列表，请使用函数search（）：
search（）
如果您已经完成了 readr 包并希望卸载它，请使用函数 detach（）：
detach（“readr”，unload=TRUE）
删除已安装的程序包
要删除已安装的R包，请使用函数remove.packages（），如下所示：
remove.packages（“包名”）
更新已安装的软件包
如果要更新所有已安装的R包，请键入以下内容：
update.packages（）
要更新特定的已安装软件包，例如readr和ggplot2，请使用以下命令：
update.packages（oldPkgs=c（“readr”，“ggplot2”））
总结
install.packages（“package_name”）：安装包
library（“package_name”）：加载并使用包
detach（“package_name”，unload=TRUE）：卸载包
remove.packages（“package_name”）：从计算机中删除已安装的包
update.packages（oldPkgs=“package_name”）：更新包
