一、软件安装
按照图中的操作，解压安装即可。注意要将patch中的文件复制到Beacon Designer的安装路径下才可以，否则这款软件是付费的。
【这里上传图片失败，具体可以去公众号查看】
[图片上传中...(image-d09452-1677322874544-7)]
二、qRT-PCR 引物设计****
2.1 qRT-PCR 引物设计原则
[图片上传中...(image-e349e0-1677322874544-6)]
2.2 qRT-PCR 引物设计方法
如图所示，我们一般进行定量的方法都是SYBR Green ，里面也可以选择TagMan进行引物设计。
这里介绍的是Beacon Designer 软件设计引物的方法。
根据引物设计原则可以更高GC含量，引物长度，Tm值，产物长度等等。
[图片上传中...(image-58227e-1677322874544-5)]
下面再介绍一种使用primer3Plus 设计引物，Primer Blast 进行引物特异性验证的方法。
首先打开Primer3Plus - Pick Primers，如图操作【文末获取软件】。
[图片上传中...(image-932d9a-1677322874544-4)]
然后打开Primer designing tool (nih.gov)，如图。
[图片上传中...(image-bbe973-1677322874544-3)]
这一步需要注意的就是，在设置参考基因组的时侯，要选择使用序列的参考基因组物种，比如我用的是水稻的 oryza sativa 。
另一个需要注意的点是，我设计的是lncRNA 因此我就要选择Refseq reoresentative genome，这个是以参考基因的序列为库进行blast验证的。
如果你设计普通的mRNA, 这里就选择Refseq mRNA 默认选项即可。
[图片上传中...(image-742311-1677322874544-2)]
接下来我们看一下引物特异性的验证结果。
[图片上传中...(image-72b8ef-1677322874544-1)]
如图所示，我们设计的引物可以产生5种产物，第一种是我们的目的产物长度为102 bp，其余四种在1000-3000 bp 范围，这四种产物基本扩增不出来，并且这里的点“ . ”代表引物与模板完全匹配，而下面的俩个红框中的C G A T 就代表这个序列是不匹配的；而且在引物3’端有序列不匹配，会导致扩增的时侯翘起来，基本扩增不出来，因此这一次引物特异性很好，可以直接使用。
[图片上传中...(image-ab2c57-1677322874544-0)]
软件获取：
后台回复：Beacon Designer
获取软件安装包。
