背景
1 柿子是啥
柿属属于柿科，是被子植物里的大属之一（500多种）。一些种（如柿子）是水果，一些是做木头的原材料或装饰用。柿子起源于中国，在战国时期就成为了一种食物。2016年FAO数据显示，每年中国柿子产品销量有4亿吨。
2 提出问题：
1、可溶性原花青素是造成柿子涩味的主要原因。因此，柿子是研究原花青素合成的一个典型材料。原花青素合成是在莽草酸途径，但其中的分子机制有待揭示。2、另外近年来柿子常用于研究果实厌氧环境交互，高等植物的性染色体进化。3、而以上研究都是基于转录组数据，没有完整的基因组数据。因此开展全基因组测序非常重要。
3已有研究情况
在柿属中有3种主要的栽培种：Diospyros lotus君迁子（二倍体），Diospyros oleifera油柿（二倍体），Diospyros kaki柿（6倍体）。而油柿除具备其他2种柿子的功能外，还可产生毛状体以及在果实表面分泌油性物质。前期的研究（叶绿体基因组研究表明，油柿和柿关系接近，而君迁子和粉叶柿接近。Kazzaki推测柿是由它的二倍体祖先多倍化得来的。）因此，做油柿的全基因组有助于揭示这些问题。
4 因此，本研究准备做油柿的全基因组测序。
结果
1 基因组装和注释
也是用三代测序数据进行的组装。用3种方法进行了评估说明组装质量很好。总共预测了32516个基因，其中80.53%是已知的，78.05%能被挂载到15条染色体上。大量的共线性区块和旁系同源基因表明柿子基因组在其进化过程中经历了频繁的染色体间融合和片段复制。
2 比较基因组和进化分析
对柿子(D. oleifera)、苹果(M. demestica)、拟南芥(A. thaliana)和葡萄(V. vinifera)的全部基因进行了基因家系聚类分析。柿子基因组中25199个基因家族被划分为13406个基因簇，其中7567个基因簇是4个物种共有的(图2a)。采用单拷贝基因构建系统发育树。然后4DTv值显示油树只有一个WGD事件。相关基因家族在适应性进化中经历更多的收缩而不是扩张。然后进行了KEGG和GO分析。
3 原花色素合成相关基因的特征
我们发现了57个基因与原花色素的合成相关。
4 人工高浓度CO2处理去除柿子涩味的全基因组RNA-seq分析
首先选出脱涩味高低差异最大的4个品种，然后进行转录组测序分析，找了了一些新的关键基因。这些结果证实了低氧(由高二氧化碳处理产生)在去除涩味方面的有效性的遗传和机制基础。
5 基于基因组的油柿遗传图谱分析，作用是什么？
采用Spearman相关系数法，发现D. kaki遗传图谱的标记(n = 3009)与D. oleifera具有显著的共线性。
