问题描述：
有些物种，基因组拼接的可能不是很好，或者说，在基因注释的时候，没有注释的很清楚，这个时候会怀疑直接从基因组fasta文件和gff3文件中提取的基因是有问题的，那么如果有转录组数据的话，可以辅助矫正看基因的结构，我把转录组的fastq reads map到基因组上，发现有问题的基因确实存在reads 覆盖，接下来具体怎么肉眼人工矫正我就不是很清楚了，到底该怎么看呢？
解决方案：
当然是去问洲更了哈哈
结果：
这是IGV 浏览器的结果（根据gff文件把这个区域找到看）
IGV
接下来把左边的gff文件注释的为CDS的放大看：
左边放大
我们发现左边区域的深度比较低，且缺少起始密码子，更加偏向于是UTR区域
因为正常的比对结果，通常是一个上升，中间平整，后面下降。
正常的区域
这样一看确实IGV还是蛮有用的，不过也正所谓内行看门道，外行看热闹，我看了半天啥也没看出来，还是需要多积累经验才行，这也正是生信研究人员的进阶之路，生信分析并不是只是跑跑软件，还要对问题有自己的理解。
当然最后，可以用AUGUSTUS 对该区域进行重新预测，再和转录组数据map的结果进行比对：
Augustus
这样获得的结果更加准确
