刘裕杀晋恭帝、还杀光晋朝司马氏皇族的原因，无外乎三个：一个是对于前朝司马氏的王朝统治方式彻底否定不认同；另一个则是担心前朝司马氏皇族会有反叛的可能；再一个便是刘裕皇位得来的过程毕竟有些“名不正”屠杀前朝遗老，是用武力彰显强硬。
对晋朝的统治方式，彻底的否定
刘裕建立刘宋之后，所进行的王朝统治，的确与晋朝的统治方式有巨大不同。最主要的便是被人熟知的恢复儒家治国理念，这并不是说晋朝完全不符合儒家理念，而是进入刘宋之后，刘裕彻底杜绝了魏晋形成的王朝“恶习”。
魏晋时的王朝“恶习”在刘裕看来，主要的有两样：
（1）门阀士族政治
进入东晋，其实皇权被门阀压制，是彻头彻尾的门阀政治，“王与马，共天下”可不是笑谈，“谢与马”、“桓与马”这些可都是实实在在发生过的反叛之举。
因此，刘裕代晋称宋后，彻底地把门阀士族打压到底，然后启用大量寒士，原本没有晋升通道的底层被大量任用，终结了门阀士族弄权的历史。
（2）名士清谈误国
桓温专权时，有手下指着他的鼻子骂街，可桓温无可奈何笑笑便罢。因为当时名士清谈是风尚，如果杀名士，那便是没有气度的小人，谁管你权臣还是大将军。
而到了刘宋，刘裕以强硬手段出名，彻底把名士随意自由的状况扭转过来了。东晋宰相谢安谢氏的后代谢灵运，便是在刘宋适应不了严苛的官职，只能辞官畅游山水。
可以说，这几个恶习，是刘裕否定晋朝的重大原因。也因此，刘裕杀晋恭帝、进而杀光司马氏皇族，是对于晋朝的彻底否定和不认同。
担心前朝旧臣王公谋反
刘裕得到皇位的途径就是靠夺权，所以当他坐上皇位之后，当然也会担忧自己的皇位被其他人夺走。而在他眼里威胁最大的的确是当时的皇族司马氏，毕竟皇族在平民出身的刘裕眼中，还是很有威慑力的。
这当然是刘裕自身只是行伍出身，眼界有限有关。但在乱世之中，能够杀伐果断，最后功高称帝建新朝的刘裕，心中的决断当然果断异常，不会给自己留下祸患。
晋恭帝为代表的晋朝司马氏皇族，便是刘裕非常忌惮的祸患，因为司马氏太能作乱，所以刘裕杀伐果断。
因为“名不正”，所以需要威慑手段
从别人手中夺来的权力，当然是越“名正言顺”越好，可代晋称宋的刘裕，当然属于相反的一方。因而刘裕在夺得皇位后，身为行伍出身的自己，当然是用自己最擅长的，那便是武力、杀戮。
而这些手段，在刘裕看来也是威慑天下的必要手段，他出身卑微，与当时天下奉行的看重出身、家族的风尚不符，便用强硬的手段，来让天下人明白皇朝易主。
这也是刘裕在即位之后，对于大族门阀进行打压，重用寒门的原因。刘裕需要用完全与晋朝不同的治国方略，来彰显自己的不同。在这方面上，杀晋恭帝和司马氏族人，在刘裕看来是再小不过的事了。
刘裕杀晋恭帝、杀司马氏皇族，当然是从自身的利益出发。杀则断绝祸患，不杀则祸患无穷，刘裕当然选择杀。与晋王朝完全相反的称帝之路，让刘裕对于晋朝留下的东西，包括人和制度都完全的不认同，并且杀掉司马氏末帝和族人，也是彰显其强硬的手段之一。
