给自己的记录，方便下次查阅！

测了一些ChIP-seq的数据，除了拿到公司的套路分析结果以外，想要做一点自己想要的分析，但是有没有基础，上了生信技能树的入门课，然后就在网上各种折腾，不过始终还是小白，缺乏练习。

最大的感悟呢，就是试试才知道~哈哈y

一、解决系统问题

作为一个Windows 骨灰使用者，Linux仅限于半天的了解。

虽然深知要掌握一个技能不是一天半天能够练就的，但是急于解决眼前的问题，也不可能慢慢一步一步来了，所以先把主线找出来，然后在这个过程中也能慢慢熟悉，不然总觉得缺乏动力。

考虑了虚拟机和云服务器来解决系统问题，由于担心电脑配置和技术上的问题，选择了腾讯云服务器。

流程参考了网上一个博客文章，链接如下

https://blog.csdn.net/genecollege/article/details/93229655

配置是这样：1核 2GB 1Mbps

操作系统:ubuntu

PS：这个级别基本上只能做练习。

2、从本地链接的云服务器

使用的是Xshell软件

文件-新建

账号密码输入后成功链接

3.权限问题

经常一些操作出现权限限制，又去网上找了半天，觉得比较好的解决方法如下（小白之见）：

在这个博客上找到的解决方法：https://blog.csdn.net/qq_35624030/article/details/79836347

1）输入命令

sudo passwd

根据提示输入两次新密码

2）输入命令

su root

3）命令前的  $ 号变成 # 号

4、准备工作

1) 我自己创建的一个文件夹，方便自己操作

命令：mkdir test

2)下载miniconda，流程都是从生信技能树学的，命令如下：

wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

3)安装miniconda，命令如下：

bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

按提示操作，没有出现新的用户行之前都是还没完成的，

出现“Thank you for installing Miniconda2!”说明安装成功了

用命令：

conda --help

检测是否安装成功。

4）配置镜像，命令如下：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

conda config --set show_channel_urls yes

5）创建和激活小环境

conda create -n ChIP

conda install python=2

source activate ChIP

5、安装需要的软件

因为单纯的只是想先试试deeptools,所以命令如下：

conda install -y deeptools

Mark一下：后续可能还要装其他的软件，就是把上面的这个deeptools 换成其他软件的名字就可以了。关键在与这个软件的名字要与bioconda镜像中的软件名一模一样才行。。