将该文件放在linux的 /home/zdwu/rnaseq/11_source_data 目录下,并在该目录下批量下载数据,代码如下:
cat gdc_sample_sheet.2018-05-22.tsv |while read line
do
echo https://portal.gdc.cancer.gov/files/${line:0:(36-0)}
wget -c https://gdc-api.nci.nih.gov/data/${line:0:(36-0)} -O ${line:167:(184-167)}'.htseq.counts.gz'
done
用如下命令,确认文件个数是否完整,完整后数据备用。
ls A-*| wc -l