导读
基因组浏览器(integrative genomics viewer, IGV)，一种高性能的基因组可视化工具。下面是测序数据比对基因组，IGV可视化基因组和mapping结果的方法。
文章：Integrative genomics viewer
杂志：Nat Biotechnol
时间：2011
IGV
IGV官网
下载 (linux2.8)
下载 (windows2.8)
一、比对，获取sorted.bam文件
建索引、比对、sam2bam、sort bam、index bam
# 建索引
bowtie2-build -f assembly.fa index --threads 52
# 比对
bowtie2 -1 R1.fq -2 R2.fq -p 52 -x index -S align.sam
# sam -> bam
samtools view -@ 52 -b -S align.sam -o align.bam
# sort bam
samtools sort -@ 52 -l 9 -O BAM align.bam -o align.sorted.bam
# index bam
samtools index -@ 52 align.sorted.bam align.sorted.bam.bai
结果文件
二、导入genome到IGV
打开IGV，点击Genomes，点击Load Genome from File，打开assembly.fa
三、导入bam文件到IGV
点击File，点击Load from File，打开align.sorted.bam文件
注意：该目录下必须有align.sorted.bam.bai
查看比对情况
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