ps:今天刚接触，看了一些教程，有一些别人能执行而我这里不行的地方，都是慢慢百度解决的（第一次，写的有的乱，希望对你有所帮助）
一、win10下子系统Ubuntu的安装
1.打开win10的应用商店，找到Ubuntu18.04，下载并安装
2.win10安装ubuntu子系统报错:0x8007019e
原因：未安装Windows子系统支持
(1).win+x，选择Windows PowerShell（管理员）
(2).输入：
Enable-WindowsOptionalFeature -Online -FeatureName Microsoft-Windows-Subsystem-Linux
(3).回车，输入Y，重启！
(4).重新打开已经安装的子系统，安装完后输入账户和密码
二、java的安装（fastqc运行需要java环境）
1.首先要下载Ubuntu环境下的java
下载地址：http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html
将这个文件放在电脑的C盘下
2.在utuntu界面下：创建/usr/lib/jvm 文件夹
sudo mkdir /usr/lib/jvm
3.将C盘下的文件复制到Ubutu的 /usr/lib/jvm 文件夹
sudo cp /mnt/c/jdk-8u251-linux-x64.tar.gz /usr/lib/jvm/
4.解压 jdk-8u251-linux-x64.tar.gz
sudo tar -zxvf jdk-8u251-linux-x64.tar.gz
5.配置环境变量
sudo vim ~/.bashrc
输入后打开了是下图 按E可编辑
按E后是下图
然后按 i 就可以输入
把光标移到最后，在打开的文件末尾添加：
export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_251
export JRE_HOME=${JAVA_HOME}/jre
export CLASSPATH=.:${JAVA_HOME}/lib:${JRE_HOME}/lib
export PATH=${JAVA_HOME}/bin:$PATH
最后按ESC退出输入 ZZ保存退出
6.使配置生效
source ~/.bashrc
7.最后看一下java的版本
java -version
三、fastqc的下载安装
1.下载FastQC
http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc
打开后是这样，下载最新版本的fastqc
wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.9.zip
2.解压（提示我的ubuntu没有unzip命令， 我又按照它的提示现安装的）
unzip fastqc_v0.11.9.zip
更新下可获取软件及其版本信息，否则以下会提示找不到fastqc命令
sudo apt-get update
3.给fastqc权限
chmod 755 fastqc
4.加入环境变量
echo 'export PATH=~/路径/FastQC:$PATH' >>~/.bashrc
5.运行环境变量
source ~/.bashrc
6.查看一下是否成功
fastqc -h
四、使用fastqc质量分析
1.运行fastqc
-o 输出目录 result是我新建的文件夹 sra-date.fastq是我下载的转录组序列
（这个序列是双端侧序，但是只有一个文件，后来才明白可以用命令拆分成俩文件，这个地方下次更新）
sudo fastqc sra-date.fastq -o result/
最后成功了
2.把ubuntu的sra_date_fastqc.html复制到C盘查看
（不能直接把文件输出到c盘里，1是我新创立的文件夹）
sudo cp /home/liuyuan/result/sra_data_fastqc.html /mnt/c/1/
这个报告是未把双端测序文件拆分成两个文件，等我弄明白了下次更新
