Linux/windows系统aspera批量下载数据

一、Linux系统:

1.安装aspera

Linux系统安装aspera当然最好使用conda啦。

`conda install -c hcc aspera-cli`

当然你也可以去aspera官网下安装包安装

有Windows/macOS/Linux版本可供下载

安装好了如何下载需要的文件呢?你需要获得SRR号。

EBI网站中可搜索项目号或者SRR号,如PRJEB1787,获得这个项目所有的SRR号。

获得PRJEB1787项目所有的SRR号


结果如下

就获得了下载地址,如ERR315860两个数据之间用分号隔开

ERR315860 SAMEA2591098 marine metagenome fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR315/ERR315860/ERR315860_1.fastq.gz;fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR315/ERR315860/ERR315860_2.fastq.gz

即地址如下

fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR315/ERR315860/ERR315860_1.fastq.gz

fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR315/ERR315860/ERR315860_2.fastq.gz

下载地址前面加ascp -v -QT -l 300m -P33001 -k1 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@,具体参数什么意思其他文章都有。

后面加下载位置,我下载当前目录中./,即

ascp -v -QT -l 300m -P33001 -k1 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR315/ERR315860/ERR315860_1.fastq.gz ./

ascp -v -QT -l 300m -P33001 -k1 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR315/ERR315860/ERR315860_2.fastq.gz ./

当把所有都处理好后就可以一起放入sh中了,然后运行sh。


二、windows系统:

aspera官网下载安装到windows系统

打开软件所安装的位置,第一次打开是一个快捷方式所在的地方,再对快捷方式进行打开文件所在位置,我的为C:\Users\XXXX\AppData\Local\Programs\IBM\Aspera Connect\bin将Aspera Connect文件夹重命名,把空格删掉,即为

将Aspera Connect文件夹重命名,把空格删掉,即为Aspera Connect

最后,除了地址有改动以外,和linux一样,我这里是下载到D盘。

C:\Users\XXXX\AppData\Local\Programs\IBM\AsperaConnect\bin\ascp -v -QT -l 300m -P33001 -k1 -i C:\Users\XXXX\AppData\Local\Programs\IBM\AsperaConnect\etc\asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR315/ERR315860/ERR315860_1.fastq.gz D:\

C:\Users\XXX\AppData\Local\Programs\IBM\AsperaConnect\bin\ascp -v -QT -l 300m -P33001 -k1 -i C:\Users\XXXX\AppData\Local\Programs\IBM\AsperaConnect\etc\asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR315/ERR315860/ERR315860_2.fastq.gz D:\

把所有命令行放入一个文本中,一条命令一行,最后把文本改为.bat结尾,双击就可运行下载数据了。速度不错,这个窗口别关掉了,运行完一条会继续运行下一条命令。


最后有数据因为各种原因没下载完时,可以继续用之前的命令继续下载。祝小伙伴们都能愉快的下载好数据。

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