关键词：BSA分析，群体构建，性状选择，测序数据
性状选择、群体构建、测序数据以及参考基因组是BSA分析结果成功的关键。所以在准备进行BSA分析之前一定要结合实际情况（人力、财力），选择相对稳妥的方案，或者判断方法是否适用，不然也是浪费金钱，浪费精力。
性状选择
质量性状（包含突变表型）> 有主效QTL的数量性状 > 无主效QTL的数量性状
注意事项：表型鉴定一定要准确，不然结果一定不会好
群体构建
1、在混池规模，测序深度一致的前提下，次级分离群体定位分辨率＞初级分离群体，比如F2群体>NIL群体定位区间；
2、在混池规模，测序深度一致的前提下，初级分离群体，自交/回交次数越多，定位的分辨率越高，比如RIL群体定位区间＜F4分离群体＜F3分离群体＜F2分离群体。
3、自然群体、多家系群体不是很推荐。
注意事项：
a、亲本材料背景要尽可能纯合；
b、一定要尽可能多的种植群体材料，群体规模理论不应低于800株（最低不低于400株）;
c、高世代群体要保存好亲本材料，一定要清楚群体构建规则。
常见群体优缺点
常见混池组合及适用方法
- 两个亲本+两个子代池：常见样本类型，所有 BSA 分析方法均适用。亲本间选择纯和差异的位点，然后计算这些位点在两个子代池中的 index 值，还可以采用 ED（欧式距离）关联 SNP 位点，计算差值后挑选候选区间以及候选位点。
- 一个亲本+两个子代：选择亲本纯和的位点，计算2个子代池的 index，计算差值，划窗口，挑选候选区间，挑选候选位点。
- 两个亲本+一个子代：亲本间选择纯和差异的位点，然后计算这些位点在子代池的index，挑选候选位点。
- 一个亲本+一个子代池（性状相反）：选择亲本纯和的位点，然后以亲本为参考，计算这些位点在子代池的 index，挑选候选位点。若为 EMS 诱变的样本，可选择一个野生型亲本+突变体混池。
- 两个子代池：通过 ED 算法进行性状关联，可以对性状进行定位，但是由于缺少亲本信息，对于 QTL 的检测效率较低。
- 多个子代池：对于多基因控制的性状，或是提高定位精准度，可采用多子代混池，适用于 GPS-BSA 以及 PCAMP 两种分析方法。
混池组合及其适用方法
注意事项：在尽可能的条件下提高测序深度和完善混池类型
测序数据
DNA重测序基本可以无脑冲，如果选择其他测序方式一定要结合实际情况。
测序方式
参考基因组
1、BSA分析尽量保证有参考基因组，且要尽量保证基因组组装质量与完整性（三代基因组优于二代基因组）
2、如果基因组gap实在较多，可以尝试Mutmap-gap的方法
3、此外如果有重测序数据，也可以用二代数据组装一个基因组，不过分析效果就看命了
