Linux环境下的软件安装
题外话：纪念一下今天老板突然通知后天例会我来讲一篇nature文章，好爽，但是还好在花花小泽帮助下今天学习内容很快上手完成
思维导一下
今天的学习内容是（来自生信星球）：
linux如何安装软件？
--第一步，简单了解conda--“linux的应用商店”
--第二步，给你的服务器下载conda-我们用它的精华版--miniconda就可以。
--第三步，安装和配置miniconda
--第四步（重点），使用miniconda，也就是查看已安装的软件、搜索、安装、卸载（生信需要的）软件，我们以fastqc为例，其实安装软件很复杂，甚至有专门的一门课来讲这个，今天这里仅是入门操作。
--第五步（选修），不同的生信实战项目，需要定制conda的分身。
开始
conda等同于App store
准备工作
1.查看自己服务器上是否有bzip2（在linux下输入bzip2，回车就好）
没有的话会显示-bash: bzip2: command not found
那咱就安装
yum install -y bzip2**
2.软件管理Miniconda
最方便快捷的生信分析软件下载器，刷刷刷
3.下载miniconda（感谢花花直接提供的链接）
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
请耐心等待一会
4.怎么安装下好的miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
一路Enter，看到Please answer‘yes’ or ‘no’，请毫不犹豫输入yes，回车，最后安装好后再来一个yes
最后会显示Thank you for installing Miniconda3!恭喜安装成功
5.安装成功后还需要对miniconda做些啥呢
-安装成功后还需激活，在linux下输入source ~/.bashrc来激活conda
-添加镜像
#新手安装不需要remove 所以加了井号。如果曾经添加过国内镜像，需要去掉下一行行首的#再运行第一行。
# conda config --remove-key channels
conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
好了，一切准备工作结束，开始玩耍conda
1.查看当前所有软件列表
conda list
2.搜索软件
conda search fastqc ###此处以数据质控软件fastqc为例
3.安装软件
conda install fastqc -y ###加上-y参数是自动安装)
conda install fastqc=0.11.7 -y ###安装版本
4.卸载软件
conda remove fastqc -y
5.理解啥叫“conda 环境”--------（来自生信星球）
生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。
1）先查看当前conda有哪些环境
conda info --envs ###前面带*的就是默认的
2）先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
- 创建完之后，再次查看一下conda环境，conda info --envs ，多了一个rna-seq，但默认还是base
4）激活conda环境
conda activate rna-seq ###这时默认的*就会转移到rna-seq前面
5）卸载一个环境中的软件
---卸载环境中的某个软件
conda remove -n rna-seq fastqc -y
---要卸载环境中的全部软件，需要先退出当前环境再删除
conda deactivate ###退出当前环境
---卸载环境
conda remove -n rna-seq --all
