武夷茶在元代的贡茶，较宋代，又有了新的飞跃：
1、由于正式建御茶园和创建官焙局，武夷茶的入贡数量大大增加，约占全国贡额的四分之一。
2、饼茶成了皇室宫廷的贡品，散茶则民间日用。元代人蔡廷
3、元代茶叶的饮用，还是沿用“煎煮法”，但已经开始较为普遍的使用直接焙干的茶叶煎煮的清茶。
到了明代，明洪武二十四年（1391年），朱元璋诏令产茶之地，禁止碾揉蒸青团茶，“惟采茶芽以进”。
这一举措，实质上，将唐宋以来的炙烤煮饮团饼茶，改为直接冲泡的散法，将煮茶、点茶法改进为“一瀹而啜”法，把我国造茶、饮茶法，推向一个新的历史时期。
然而，武夷茶的进贡，给当地茶农带来了深重的灾难。由于进贡的贡额逐年增加，制茶官员为完成上交贡额，向茶农敲诈勒索，茶农被迫逃亡，至明嘉靖三十六年（1557年），官府不得不停办茶场。此后，这个有着250多年历史的御茶园被废弃了，只留下一口清甜的通仙井（呼来泉）。
为了确保贡茶质量和茶农利益，明万历四十三年（1615年），建宁府衙颁布了减免茶税的文告，后来被镌刻于七曲溪北的岩壁上。文告重申：官宦豪强不得倚势欺上，擅起山租，并严禁无赖道士混利开垦，妄生无端。这是武夷山摩崖石刻中，现存最早的一道保护茶农利益的官府布告。
清代，中国茶业进入鼎盛时期，清初崇安县地方府衙也采取了保护茶农、茶僧的举措，对武夷茶的恢复和繁荣，起到了重要的作用。
值得一提的是，清代，武夷茶的制作工艺有了进一步的发展，兼取阳羡茶的烘焙法和龙井茶的炒青法。
关于乌龙茶的起源，清代布衣文士王草堂在《茶说》中作了详细的记载：““武夷茶采后，以竹筐（当为筛字），架于风日中，名曰晒青，俟其青色渐收，然后再加炒焙。阳羡山片，只蒸不炒，火焙以成。松罗、龙井皆炒而不焙，故其色纯。独武夷炒焙兼施，烹出之时，半红半青。青者乃炒色，红者乃焙色也。茶采而摊，摊而扌鹿(摇之意)，香气越发即炒，过时不及皆不可。既炒既焙，复拣去其中老叶、枝蒂，使之一色。”此文被当时(1717－1720年)在崇安县(1989年改名武夷山市，下同)为令的陆廷灿编入其《续茶经》。
清代释超全《武夷茶歌》：“景泰年间（1450—1456年）茶久荒，嗣后岩茶亦渐生，……凡茶之候视天时，最喜天晴北风吹，如梅斯馥兰斯馨，大抵焙时候香气。”描述了当时武夷茶法中气候与品质间的关系，以及天然的花香品质特征，这与现在乌龙茶制法相似。
1717年任崇安（武夷山）县令的陆廷灿在《续茶经》中引述王草堂的《茶说》：“武夷茶茶采后以竹筐匀铺，架于风日中，名曰晒青，然后再加炒焙。武夷茶炒焙兼施，烹出之时，半青半红，青者乃炒色，红者乃焙色也。”这些记载与当今乌龙茶制法以及品质三红七绿的要求是相同的。
乌龙茶制作工艺的形成，闽南人起了重要作用。
